Главнейшей, неотъемлемой принадлежностью алтаря является возвышающийся посреди него святой престол, так как на нем таинственно присутствует Сам Господь – Царь и Владыка Церкви. Форма престола всегда бывает четырехугольная, в знамение того, что на нем предлагается Божественная трапеза для всех четырех сторон света. Престолы делаются из камня, серебра, золота или из дерева. На престоле всегда полагаются крест, Святое Евангелие и ковчег (называемый также кивотом или дарохранительницей) со Святыми Дарами, хранящимися в церкви для причащения больных, а во время Великого поста – для Литургий Преждеосвященных Даров. Если новый храм освящается самим архиереем, то под престолом в особом сосуде всегда полагаются частицы святых мощей, в знак того, что кровь мучеников, после крови Христовой, служит вторым основанием Церкви, и в память обычая древних христиан совершать Евхаристию на гробах мучеников.
За престолом в алтаре находится горнее место. Так называется возвышающееся за престолом у восточной стены седалище (кафедра) для епископа. По обеим сторонам горнего места в некоторых кафедральных храмах ставятся седалища (сопрестолия) для сослужащих архиерею священников. Горнее место символизирует небесную кафедру высочайшего архиерея – Христа, а места священников – престолы апостолов.
В северной части алтаря ставится особый стол, предназначенный для принятия приношений от верных и для предварительного приготовления Святых Даров. Этот стол называется жертвенником или предложением. Так как во время проскомидии вспоминаются обстоятельства рождения и страданий Христовых, то и жертвенник, на котором она совершается, по изъяснению учителей Церкви, образует и вертеп, в котором родился Иисус Христос, и Голгофу, место страданий Господа. В древности жертвенник ставился в особом отделении алтаря, отгороженном от него стеной.