Закат золотого века в Бельгии наступил в 1556 г., вместе с отречением от престола императора Карла V. Нидерланды достались в наследство его сыну, испанскому королю Филиппу II. Вскоре это привело к вспышке религиозного конфликта, начавшегося с нападения протестантов на католические храмы.
Религиозные войны между протестантами и католиками, разделили единые Нидерланды на Северные – протестантские, ныне Голландию, и Южные – католические, ныне Бельгию.
Начиная с 16 века и до своей независимости в качестве отдельной страны в 1830 году, Бельгия, считавшаяся тогда Южными Нидерландами, была местом многих сражений между силами Европы, за что её прозвали «ареной Европейской борьбы».
В ходе первой мировой войны в городе Ипра впервые в истории войн был применён отравляющий газ (хлор). Применённый два месяца спустя иприт был назван в честь этого города.
В 1815 году Венский Конгресс одержал победу над Наполеоном Бонапартом при Ватерлоо, в Бельгии. После этого поражения 124 города во всем мире были названы Ватерлоо.
В поселениях Альсенберг и Берсель, во время битвы при Ватерлоо был расквартирован русский казачий полк, а в следующем году состоялось бракосочетание принца Вильгельма Оранжского (наследника трона Нидерландов, в которые тогда входила Бельгия) на сестре царя Александра I Анне Павловне. Русская принцесса устроила в Брюсселе первую за восемь веков православную часовню.
Когда фламандцы и их южные соседи валлоны после освобождения от Наполеона были присоединены к протестантскому Нидерландскому королевству, они осознали, что представляют собой некую общность, именно благодаря католической религии и общему французскому языку. Это объединило их в борьбе за независимость и создание бельгийского государства. Не случайно на гербе Бельгии появилась надпись «В союзе – сила».
25 августа 1830 года в оперном театре «Ля Монэ», заключительная ария оперы Даниеля Аубера «Глупая девушка из Портичи», произвела такое впечатление на народные массы, что люди вышли на улицу и стали захватывать государственные учреждения, что привело к признанию независимости Бельгии от Голландии.
До 1830 года государства Бельгия на карте Европы не было. Оно возникло только в 1830 году и Альберт II, который правит с 1993 года, всего шестой по счету король.
В конце XIX в. Бельгия участвовала в колониальном разделе Африки. В 1908 г. бельгийской колонией стало Конго (вплоть до 60-х годов).