Возвышенности южной части Эстонии покрыты моренными холмами.
Эстония – равнинная страна, но здесь находится самая высокая точка Балтии – гора Суур-Мунамяги ("Большая яичная гора", 318м).
Пангаский клиф самый высокий из береговых обрывов Сааремаа и Муху. Максимальная высота уступа 21.3 м, его протяженность 2.5 км. В самой высокой точке клифа находится древний жертвенник, где в стародавние времена приносили жертвы морю.
Сааремааские клифы состоят только из известняка.
В районе города Тюри, в окрестностях Кольга-Яани Эстонии расположены друмлины – холмы продолговатой формы с плоскими вершинами, которые располагаются группами в направлении движения ледника. К северу от Тарту находятся друмлины длиной до 5 км и высотой до 25 м.
По легенде, друмлины и длинные впадины между ними в районе Вооремаа являеются пахотными бороздами легендарного Калевипоэга.
На севере Эстонии расположены длинные и узкие валы озы, состоящие из отложений (песок, гравий глина) внутри ледниковых рек, которые образовались при таянии льда. Высота их иногда превышает 20 м.
Альвары – участки известнякового плато, где коренные породы покрыты только тонким слоем почвы или почти обнажены. На альварах растут заросли можжевельника и разные виды шиповника, а в северо-западной части Эстонии распространен курильский чай.
Метеориты, упавшие на территорию Эстонии без следов: каменный метеорит (Кайявер, близ Йыгева, 1821), метеоритный дождь (Каанда, Сааремаа, 1855); стеклообразный каменный метеорит (Ийгаста, Валгаский уезд, 1856) Пилиствереский метеоритный дождь (1863 г), каменный метеорит, упавший в Тянасилма (1872 г.).
В Эстонии самое большое количество метеоритных кратеров в мире.
5 кратеров Илуметса в Пыльваском уезде, в местечке Илуметса сохранились в своём первозданном виде.
Древний Кярдлаский кратер образовался при падении метеорита около 500 миллионов лет назад.
На острове Сааремаа в местечке Кали находятся девять метеоритных кратеров, в главном образовалось озеро Кали. Наибольший кратер в диаметре составляет 110 м, маленькие – от 13 до 39 метров. Древние эсты считали это озеро колдовским и бездонным, но дно у него есть на глубине 6м при диаметре озера в 50м.
Кратеры Каали возникли от 2500 до 7500 лет назад и являются старейшими в Европе.
У самого большого озера Эстонии два названия – Чудское (русское название) или эстонское Пейпси (Peipsi).Оно является четвёртым по величине в Европе.