После ареста Михаила Ходорковского в Новосибирске в ноябре 2003 года и его отправки в камеру «Матросской тишины» ситуация по созданию компании «ЮКОС-Сибнефть» развивалась по следующему сценарию.
Несмотря на то что работа по слиянию была уже в полном разгаре и, по словам Швидлера, сделка была уже на том этапе, когда ее невозможно отменить, в конце 2003 года представители «Сибнефти» заявили о приостановлении слияния. В ответ акционеры ЮКОСа потребовали от Абрамовича назад полученные им $3 млрд и как минимум $1 млрд в качестве компенсации за «беспроцентный заем» (за пользование $3 млрд) и за то, что акции ЮКОСа упали в цене, иначе они отказывались вернуть назад акции «Сибнефти». Роман Аркадьевич отдавать деньги назад не спешил, и, что примечательно, государство ни в чьем лице не поспособствовало их возвращению, хотя, попав на счета ЮКОСа, деньги пошли бы в казну в счет уплаты налоговых претензий к ЮКОСу. Это косвенно, конечно, но все же свидетельствует в пользу версии, что Абрамович в этой игре, которая затевалась для потопления Ходорковского и его империи, был как минимум проходной пешкой. Развод длился долго и мучительно, ни одна из сторон не сдавалась без боя. Но все довольно просто разрешилось в судах Чукотки и Москвы, которые признали недействительной дополнительную эмиссию акций ЮКОСа, проведенную в рамках слияния с «Сибнефтью». Это означало, что акции «Сибнефти», которые предполагалось обменять на акции будущей, так и не состоявшейся объединенной компании, уходят назад к Абрамовичу, а еще 20 %, за которые заплачены деньги в $3 млрд, остаются у ЮКОСа. Представители ЮКОСа на обозначенных процессах не присутствовали. В результате у Романа Аркадьевича осталась в собственности и «Сибнефть», и деньги, полученные в результате сделки.
Данное решение судов не сразу всплыло, некоторое время его удавалось держать в секрете. Впрочем, те, кому положено было это знать, знали. Не случайно приставы не взяли акции «Сибнефти» в качестве компенсации за налоговые недоимки ЮКОСа, скорее всего они знали, что эти акции ЮКОСу уже не принадлежат.
Спустя несколько дней после того, как всплыл факт о признании допэмиссии незаконной, на «Сибнефть» нагрянули налоговики. Передовицы прессы пестрели заголовками, что Абрамович – следующий, кто пойдет в тюрьму после Ходорковского. На этот счет есть, может быть, маловероятная, а все же версия, которая заключается в том, что эта операция налоговиков задумывалась как отвлекающий маневр, чтобы было поменьше разговоров в прессе о сомнительном возвращении Абрамовичу его акций.