Надежды Фуке на помощь своих приверженцев не оправдались. Белль-Иль сдался без боя. Многие из людей, близкие к узнику, тоже оказались в заключении, а его друзья и родственники были удалены от двора. На имущество Фуке наложили арест. Была найдена шкатулка с планом сопротивления и другими документами, которые неопровержимо свидетельствовали о множестве придворных интриг, которые инициировал Фуке. Всего же в разных домах бывшего суперинтенданта было изъято около шести тысяч документов, которые суду предстояло изучить.
Суд над Фуке длился три года. Его нельзя назвать справедливым, хотя за Фуке действительно числилось немало злоупотреблений. Судей назначил король. Пункты обвинения составлял Кольбер и его дядя Пюссор, секретарь суда Жозеф Фуко, государственные советники Лозен и Лафосс, советник Парижского парламента Понсе. Все они были настроены по отношению к узнику крайне враждебно.
Следствие над Фуке началось только в марте 1662 года. В Венсенн для допроса приехали комиссары Понсе и Ренар, а также Жозеф Фуко. Во время дознания и суда многие документы, которые могли свидетельствовать в пользу обвиняемого, были изъяты, либо на них намеренно не обратили внимания. По приказу канцлера Сегье секретари допускали в протоколах неточности, записывали не все ответы обвиняемого.
Первое заседание суда состоялось 14 ноября 1664 года. На этом и последующих судебных заседаниях присутствовала госпожа де Севинье, которая ненавидела Кольбера и сочувствовала Фуке. Она оставила письма, в которых описала поведение подсудимого. Первое время бывший суперинтендант держался уверенно. Он отказался давать присягу суду, так как не признавал законность Уголовной палаты, сформированной по настоянию Кольбера специально для суда над ним. На заявление судьи о законности Палаты, основанной королевским указом и утвержденной парламентом, Фуке, по свидетельству госпожи де Севинье, ответил, что «властями нередко делаются вещи, которые, спустя какое-то время, оказываются несправедливыми». Далее свидетельница процесса писала: «Господин председатель прервал его [Фуке]: «Как?! Вы хотите сказать, что Его Величество злоупотребил своей властью?» Господин Фуке ответил: «Это говорите вы, сударь, а не я. Я вовсе не это имел в виду, и странно, что, используя мое нынешнее положение, вы хотите столкнуть меня с королем; но, сударь, вам прекрасно известно, что случаются ошибки. Когда вы подписываете ордер на арест, вы находите это справедливым, на следующий день вы его отменяете: вы видите, что можно изменить точку зрения и мнение».