Весной 1307 года Филипп впервые высказал Клименту V свои подозрения по поводу храмовников. Тот сначала не поверил обвинению, но со временем вынужден был согласиться на проведение суда и следствия.
14 сентября того же года Ногаре от имени короля направил секретное послание, адресованное сенешалям, бальи и прево[1]. Оно было заключено в двойные конверты и должно было быть распечатано только в назначенный день и час. Неделей позже такое же письмо советник направил верховному инквизитору Гийому Парижскому. В нем содержались инструкции духовенству. Инквизиторам предлагалось допрашивать подозреваемых, которых должны были доставлять им люди короля. А 13 октября по всей стране одновременно начались аресты тамплиеров и захват имущества ордена. Папу об этом Филипп в известность не поставил.
Первым делом люди Парижского судейского округа овладели резиденцией (командорство) ордена Храма в Тампле. Великого магистра ордена Жака де Моле захватили в постели. В тот же день Филипп перебрался в Тампль и завладел имуществом ордена. А средства эти были огромными. Тамплиеры свезли сюда со всей Франции пожертвования на новый крестовый поход. Деньги поступали из всех командорств ордена. Они исчезли бесследно. Никто не знает даже их приблизительной оценки, ведь Филипп ни перед кем не отчитывался.
В тот период во Франции существовали 3 или даже 5 командорств ордена Храма. Они объединяли 4 тысячи тамплиеров. Однако по документам число обвиняемых не превышало тысячи. Что сталось с другими, неизвестно. Возможно, они погибли от пыток в заключении, кому-то, возможно, удалось спастись.
Храмовников обвинили в надругательстве над крестом, идолопоклонстве и содомии. Узников помещали каждого отдельно, под надежной охраной. Предполагалось двойное расследование: королевским судом и инквизицией. Однако до королевского суда дело не дошло. Инквизиция прекрасно справилась со своими обязанностями. Тамплиерам предложили признать обоснованными все обвинения, а в случае отказа угрожали пыткой. За чистосердечное же признание им обещали полное прощение. При этом их называли не обвиняемыми, а «свидетелями, поклявшимися говорить правду о себе и о других».
19 октября 1307 года Гийом Парижский начал следствие. Известно, что он и два его помощника использовали пытки, угрозы и обещания. Только в одном Париже в течение месяца было замучено 36 тамплиеров. Очень скоро инквизиторы убедили подследственных, что те никогда не выйдут из застенков живыми, если не подчинятся обвинителям. Тамплиеры пали духом и начали давать нужные инквизиторам показания. Их «свидетельства» записывали нотариусы и подписывали специально приглашенные свидетели.