В оговоренном месте Бут встретился с Хэролдом, после чего сообщники отправились в штат Мэриленд, где рассчитывали получить убежище у единомышленников-южан. Поскольку сломанная нога все сильнее беспокоила актера, ему пришлось обратиться к знакомому врачу. Тот наложил на поврежденную конечность шину, и беглецы снова тронулись в путь. Но спустя 11 дней после трагедии в театре убийцу и его сообщника выследили и окружили на табачной ферме в штате Вирджиния. Переговоры с преступниками затянулись, поскольку добровольно сдаться в руки военных, осадивших здание, Бут желанием не горел. Наконец, терпение «загонщиков» лопнуло – ферму подожгли, после чего Хэролд решил, что лучше быть малодушным, но живым, чем героем, но свежеподжаренным. Бут же, прекрасно представлявший себе, что его ждет в случае ареста, предпочел застрелиться. Правда, существует предположение, что убийцу застрелил кто-то из преследователей, нарушив тем самым предписание военного министра Стентона: «Взять убийцу президента живым!» Такую возможность имел, например, подполковник Конджер – один из офицеров тайной полиции, руководивших операцией по захвату Бута. О том, что артист не был полоумным фанатиком-одиночкой, как принято считать, говорит не только обнаруженный в кармане убитого чек на весьма крупную сумму, подписанный главой Конфедерации. О том, что за спиной Бута скрывались весьма влиятельные персоны, заставляют задуматься еще несколько фактов. Так, убийца президента, получивший пулю, прожил еще три с половиной часа, причем все это время он находился в полном сознании. Врач, осматривавший смертельно раненого, предупредил военных, что часы его пациента сочтены, поэтому для получения информации о покушении стоит поспешить произвести допрос. Однако, несмотря на это, актера так и не допросили… Что же касается дневника Бута, то его военный министр почему-то счел необходимым скрыть от суда. Когда же власти официально затребовали у Стентона данный документ, в нем отсутствовали 18 страниц. Что хотел скрыть военный от следствия? И что означала странная фраза, выведенная рукой Бута: «Я почти склонен вернуться в Вашингтон и… оправдаться, что, как мне кажется, я смогу сделать». Похоже, оправдаться убийца мог только в одном случае – раскрыв имена своих высокопоставленных сообщников, так и оставшихся в тени. А их было, судя по всему, немало. В записках есть упоминание об 11 членах конгресса, 12 армейских офицерах, трех офицерах флота и 24 гражданских лицах: губернаторе, журналистах, крупных банкирах, богатых промышленниках. Кроме того, в Америке долго ходили слухи о том, что Бут не был убит, что правительство разыграло этот спектакль с единственной целью: закрыть дело об убийстве президента. Сам же исполнитель «заказа» якобы прожил еще 38 лет, правда, под конец жизни он спился и наложил на себя руки. Тем не менее ответа на вопрос, был ли на самом деле Бут убит, как ни странно, нет и поныне.