26 сентября 1936 года Ежов заменил Ягоду на посту руководителя НКВД.
18 февраля 1937 года покончил с собой Серго Орджоникидзе. Был ли он причастен к заговору, не выяснено. Во всяком случае, за несколько дней до самоубийства Орджоникидзе в его квартире был произведен обыск. Два других видных члена команды Сталина Бубнов и Рудзутак тоже попали в число репрессированных. У следствия были материалы на Мерецкова (начальника штаба у Уборевича) и, более того, на Буденного и Тимошенко, но этих троих не тронули. Думается, они просто сами сообщили Сталину о заговоре.
Версия Шелленберга о том, что они с Гейдрихом с одобрения Гитлера передали (даже продали) через Бенеша информацию о заговоре Сталину, отрицалась компетентными людьми в Германии (Шпальке) и у нас (Судоплатовым). Есть мнение, что и сами мемуары Шелленберга – это одна из многих фальшивок Интеллидженс Сервис, которые эта служба Британии постоянно практикует в качестве идеологических инструментов своей политики. Шелленберг мемуары написать не успел. Их написали за него уже после его смерти.
* * *
3 апреля Ягода был арестован. Были арестованы Агранов, Паукер, Волович, Гинцель и др. Многие из сотрудников Ягоды покончили с собой. В мае начались аресты среди высшего комсостава. Были арестованы: командующий Приволжским ВО маршал М.Н Тухачевский, начальник Управления кадров Красной Армии Б. М. Фельдман, председатель совета Осоавиахима Р. П. Эйдеман, начальник военной академии им. Фрунзе А. И. Корк, командующий Белорусским ВО И. П. Уборевич, командующий Ленинградским ВО И. Э. Якир. Начальник политического управления Красной Армии Я. Б. Гамарник покончил с собой. Сразу после ареста Тухачевского, Вальтер Кривицкий (руководитель военной разведки в Европе, близко связанный с Троцким и Тухачевским) покинул СССР. Вскоре он перебежал на Запад. Аресты верхушки военного командования происходили с 19 по 31 мая 1937 года. 11 июня был вынесен приговор, а на следующий день приговор был приведен в исполнение.
Материалы следствия создают цельную картину, которая выглядит следующим образом. Все арестованные признаются в участии в заговоре, и все признают Тухачевского руководителем заговора, начало которого относят на 1931–1932 годы. Ближайшими соратниками Тухачевского являлись Гамарник, Уборевич, Фельдман и Корк. Хотя Примаков и Путна были троцкистами, и следствие усиленно выявляло связь с Троцким, заговор выглядит ориентированным на правых.