В составе Министерства юстиции Федеративной Республики Германия находится семь Департаментов, которые в свою очередь состоят из Управлений и Отделов. В этих Департаментах выполняются задачи, тематически связанные между собой в общей схеме работы Министерства юстиции. Департамент, как правило, возглавляет чиновник в чине министр-директора. Важно знать, что эти чиновники практически в любой момент могут быть отправлены во временную отставку. Руководство Управлений выполняет функции управления и планирования в отношении вверенных им отделов, которые в свою очередь являются первичными организационными структурами Министерства и несут нагрузку согласно своему профилю.
Задачей Департамента Z является создание кадровых, организационных, бюджетных и инфраструктурных предпосылок для работы Министерства, а также для работы судов и административных органов, находящихся в его ведении. Кроме того, Департамент Z руководит рядом проектов, направленных на использование современных информационных технологий в целях обеспечения доступа к Федеральным Судам и подведомственным Министерству юстиции административным органам. Таким образом, можно отметить, что Министерство придает особое значение усиленному использованию информационных технологий в целях рационализации трудовых процессов, а также совершенствования информационных возможностей в пределах и за пределами Министерства.
В компетенцию Департамента R входят вопросы судоустройства. Другими словами, сюда входят положения Федерального законодательства о структуре и организации Судов и органов Прокуратуры. В задачи этого Департамента также входит исполнительное законодательство, включая законодательство о принудительном исполнении, о несостоятельности, и о судебных расходах. Особенно примечательно то, что в ведении Департамента R находятся медиация, адвокатура и нотариат. Данный Департамент оказывает содействие при повышении квалификации судей и прокуроров.
В фокусе работы Департамента I находится гражданское право. В его задачи входит защита потребителей от нарушения их прав путем создания взвешенных положений частного права. Для примера, можно отметить общие условиях сделок, или потребительские кредиты. Большое значение также имеет европейская и международная гармонизация гражданского законодательства. Данный Департамент курирует правовую область неразрешенных имущественных вопросов.