Одновременно он возглавляет эвакуацию сотрудников и студентов педагогического института имени А. И. Герцена и их семей, беря на себя все заботы по ее организации.
Поэтому он – уже не молодой человек – пешком идет по обледенелым улицам осажденного Ленинграда, чтобы поделиться своим академическим пайком с заболевшим аспирантом.
С. Л. Рубинштейн начал работу над вторым изданием «Основ…» не потому, что имел поддержку первого издания выдающимися учеными В. В. Вернадским и А. А. Ухтомским, и безотносительно к присуждению Государственной премии (1942 г.) – этой высочайшей по тем временам социальной оценке его труда, а считая его необходимым и для подготовки новых психологических кадров и утверждения общественной роли психологической науки.
Будучи в том же году отозван из эвакуации (где он успел наладить жизнедеятельность института, создать все условия для продолжения преподавания) в Москву, С. Л. Рубинштейн избирается членом-корреспондентом АН СССР. Ему поручается возглавить три ведущих психологических центра Москвы: пришедший в запущенное состояние Психологический институт АПН СССР, кафедру психологии на вновь открывшемся отделении философского факультета МГУ и созданный Сергеем Леонидовичем сектор философских проблем психологии в Институте философии АН СССР. Этим решалась важнейшая задача интеграции психологической науки.
В перечисленных учреждениях развернулась интенсивная научно-исследовательская деятельность известных психологов: Б. М. Теплова, Н. Н. Ладыгиной-Котс и многих других, преподавание психологии, подготовка аспирантов… Сергей Леонидович проводил совершенно особые, отличные от учебных, научные семинары с участием и старшего, и молодого поколений психологов. На таких семинарах он обучал исследовать: ставить проблемы, обобщать результаты, обсуждать выводы. На эти семинары приглашались известные психологи страны со своими докладами.
Именно поэтому, из чувства личной ответственности, он неоднократно обращался в соответствующие инстанции, обосновывая необходимость создания нового института психологии в системе Академии наук.
Однако успех «Основ общей психологии» и ее автора вызвал недоброжелательство вчерашних коллег, защите докторских диссертаций которых он содействовал еще в Ленинграде. «Основы» были подвергнуты критике за «избыточное» число ссылок на зарубежных авторов и искаженные критиками отдельные мысли автора. Пренебрегая жесточайшей идеологической критикой второго издания (1946 г.), развернувшейся в ходе начавшейся борьбы с космополитизмом, противодействуя попыткам «закрыть психологию» на небезызвестной Павловской сессии, он продолжал работу над последующими трудами, невзирая на поражение в правах: снятие с должностей, запрет публикаций, уничтожение монографии «Философские корни экспериментальной психологии» на стадии верстки.