Меньше десяти лет владыка Иларион занимался научной деятельностью, но и за этот кратчайший отрезок времени успел сделать немало. «Верую во едину Святую Соборную и Апостольскую Церковь» – так можно определить направление его трудов. Для владыки Илариона было ясно, что христианство неотделимо от Церкви, что под христианством нельзя «понимать сумму каких-то теоретических положений, ни к чему никого не обязывающих… Христианами тогда следует признать и бесов, которые тоже веруют и от этого только трепещут» («Христианства нет без Церкви»). Христианство – это жизнь в Церкви; именно в Церкви человеку даются силы для того, чтобы не только принять учение Христа о любви, но и исполнить его. У святителя Илариона даже встречается такая, на первый взгляд, дерзновенная мысль, хотя и основанная на словах святых отцов:
«Очевидно, книги Священного Писания не составляют сущности христианства, потому что само христианство не есть учение, а есть именно новая жизнь, создаваемая в человечестве Духом Святым на основе воплощения Сына Божия». «Священное Писание – одна из сторон общей благодатной церковной жизни, и вне Церкви Священного Писания, в истинном смысле этого слова, нет». «Нет христианства, – восклицает священномученик Иларион, – нет Христа, нет благодати, нет истины, нет жизни, нет спасения – ничего нет без Церкви, и все это есть только в единой Церкви!» («Священное Писание и Церковь»).
За время учения в академии Владимир Троицкий был награжден премиями Митрополита Московского Макария и Митрополита Московского Иосифа, был признан лучшим по успеваемости студентом за последние 50 лет существования академии. Владимир Троицкий заведовал издательским отделом Пастырско-просветительного братства при академии, занимаясь изданием и распространением листков духовно-нравственного содержания для простого народа, участвовал в опеке школы-приюта для восьми-девятилетних детей.
В 1908 году Владимира Троицкого за выдающиеся успехи послали за границу. Вместе с группой студентов и преподавателей он побывал в Сербии, Болгарии, Турции, Греции, на Афоне. Об этом путешествии он написал в своей работе «От академии до Афона». С особой болью он переживал отсутствие единства славянского мира. А посещение Константинополя и храма Святой Софии вызвало у него размышления о том, что «самая главная черта византизма – проникновение всей жизни религиозными началами и интересами, это дивное сочетание небесного и земного, это – настоящее богочеловечество, а не наше современное человекобожество» («От академии до Афона»).