Тетя Алеши Афанасьева, полоскавшая белье на реке, закричала детям, чтобы они бежали скорее по домам. Сама же, схватив мальчика на руки, кинулась в их избу, чтобы укрыться в подполе. Вдруг дом затрясся от оглушительного взрыва, стекла со звоном полетели из окон. Фекла Петровна с трехлетним мальчиком рухнула на пол, сраженная осколком бомбы.
«Вставай, вставай, тетя!» – кричал и плакал Алеша, пока не потерял сознание. Так его впервые посчитали убитым, обнаружив всего в крови и почти бездыханного на груди раненой женщины.
После окончания в 1927 году начальной школы в родной деревне Алексей два года работал в своем хозяйстве, помогая отцу с матерью. Семья постоянно испытывала нужду, хотя и трудилась от зари до зари то на лесозаготовках, то в поле. В 1931 году Афанасьевы вступили в колхоз, и Алексей смог продолжить учебу в Мунозерской ШКМ (школе колхозной молодежи), расположенной в селе Спасская Губа. После ее окончания, в 1933 году, он поступил на медицинский рабфак в Петрозаводске.
Алексей с раннего детства хорошо ходил на лыжах и имел неплохую физическую подготовку. Когда подрос, спорт стал его любимым занятием. На втором курсе рабфака Афанасьева включили в состав команды рабфака для участия в городских лыжных соревнованиях студенческой молодежи, где он занял второе место. Позднее по комсомольской путевке закончил в Петрозаводске курсы по подготовке преподавателей физкультуры для семилетних и средних школ.
Трудовую деятельность А. Афанасьев начал в 1936 году инструктором физкультуры «Сунастроя». В 1937–1939 годах работал в «Сунасплавстрое»: десятником на участке и регулировщиком на шпалорезке.
В сентябре 1939 года Алексей Афанасьев был призван в ряды Красной армии Кондопожским райвоенкоматом Карельской АССР. В январе – марте 1940 года в должности пулеметчика взвода разведки лыжного батальона принимал участие в боях на Карельском перешейке во время Советско-финляндской войны 1939–1940 годов. На лыжах, с пулеметом на спине, в составе разведгрупп он несколько раз проникал за линию фронта с целью сбора информации о местоположении частей противника.
Однажды перед отделением под командованием старшего сержанта Тимофеева была поставлена задача узнать расположение финских частей за Выборгом, в районе Юустила. Разведчики, среди которых находился и Алексей Афанасьев, скрытно перейдя линию фронта, на лыжах углубились в лес в направлении намеченного квадрата поиска. Обосновавшись на небольшой высотке, они несколько дней вели наблюдение за частями противника. Только когда была выяснена вся система вражеской обороны, разведгруппа двинулась в обратный путь.