Протоиерей Философ Николаевич Орнатский родился 21 мая/3 июня 1860 года в Троицкую родительскую субботу и день празднования Владимирской иконе Пресвятой Богородицы на погосте Новая Ёрга (Поповка) Череповецкого уезда Новгородской губернии в семье сельского священника Николая Платоновича Орнатского. Во Святом Крещении младенец получил имя в честь святого мученика Философа Александрийского (память 31 мая/13 июня), пострадавшего в III веке при Римском императоре Декии.
Первые уроки самоотверженного служения Господу и ближним Философ Орнатский получил в родительском доме – для многих жителей окрестных сел и деревень погост Новая Ёрга был духовно-просветительным и благотворительным центром. В нем находились храм в честь Богоявления Господня, часовня, церковно-приходская школа и церковно-приходское попечительство. Родом занятий жителей погоста было церковное служение, распространение просвещения и помощь всем страждущим.
С детских лет Философ помогал старшим в храме, школе и участвовал в деле призрения немощных и неимущих. Так определился его жизненный путь: после окончания Белозерского духовного училища (1874) и Санкт-Петербургской духовной семинария (1881) Философ Орнатский поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, которую блестяще закончил в 1885 году со степенью кандидата богословия, с правом, при соискании степени магистра богословия, не держать нового устного испытания.
По окончании Академии в числе лучших студентов Философ Николаевич был оставлен в Санкт-Петербурге и 21 июня 1885 года определен на вакансию священника и законоучителя к церкви в честь иконы Божией Матери «Утоли Моя Печали» при детском приюте Принца Петра Георгиевича Ольденбургского.
17 июля 1885 года Философ Николаевич вступил в законный брак с Еленой Николаевной Заозерской – дочерью Николая Михайловича Заозерского, иподиакона митрополита Новгородского, Санкт-Петербургского и Финляндского Исидора (Никольского). Вскоре Философ Николаевич был рукоположен епископом Аксайским Серафимом (Жемчужниковым) во диакона – 26 июля, во пресвитера – 28 июля 1885 года и приступил к трудам на ниве Божией.
От Господа был дан отцу Философу дар живого слова, дар проповеди народу вечных истин Христова Евангелия. Воспринял от Бога молодой пастырь и другой талант – незаурядные организаторские способности. Развивая и приумножая год от года дары Божии, он быстро привлек к себе особое внимание верующего народа и начальствующих – церковных и светских властей. Его слова достигали людских сердец, помогали спасению многих заблудших и отчаявшихся. Он становится во граде святого апостола Петра одним из самых известных проповедников, к которому устремлялись верующие из разных концов столицы.