С тех пор Антоний жил в монастыре и находился в совершенном послушании и отсечении своей воли, для исполнения воли Божией. В таком смирении прожил он немалое время на Афонской Горе, но Господу угодно было, чтобы Антоний шел на свою родину и там насадил благочестие и водворил иноческий чин. О сем было откровение от Бога игумену, который, призвав преподобного, объявил ему волю Божию. Выслушав его, как Самого Господа, Антоний принял от него благословение и отправился в свое отечество. Прибыв в Киев, долго искал он удобного места для помещения, наконец нашел пещеру, ископанную варягами над Днепром на горе Берестовой. В этой тесной, как могила, пещере, в глубоком безмолвии и уединении, подвизаясь день и ночь в непрестанной молитве, в умерщвлении тела постом и суровостью пещерных трудов, Антоний провел 40 лет.
Через несколько времени пришел к нему и преподобный Феодосий, которому было тогда 23 года от роду. В киевских пещерах находилось уже тогда несколько монашествующих и между прочими преподобный Никон, которому поручил Антоний постричь и Феодосия в ангельский образ.
Таким образом преподобный Антоний сделался в России первоначальником всех российских монахов, указателем стези, ведущей к Небесному Царствию, и основателем знаменитой Киевской Лавры. Но по любви к глубокому уединению преподобный Антоний не остался в пещере, когда из нее возникла Лавра, поручив братию игумену Варлааму, сам он скрылся на другой холм, ископал новую пещеру, известную ныне под именем Ближней Антониевой пещеры и почти не оставлял ее до кончины. В разных пещерах он потрудился 56 лет.
Преподобный Нестор летописец вступил в то же время в монашество, имея только семнадцать лет от роду. Осмотрев пещеры, глубоко вникая в иноческое жительство, он начал составлять летописи, написал и житие преподобного Антония, сиявшего как звезда дарованиями духовными, исцелял различные болезни и предвидел будущее. Слава его святой жизни привлекала к нему многих. Князья Изяслав Киевский, Святослав Черниговский и Всеволод Переяславский, отправляясь на брань против половцев, пришли с дружинами своими к преподобному Антонию, чтобы получить от него благословение. Провидя духом гнев Божий, святой прослезился и сказал им: «Грех ради ваших будете побеждены; воины ваши потоплены будут в реке; некоторые из них отведены в плен, а прочие погибнут от острого меча».