Наступило патриаршество Филарета Никитича, родителя царского. С востока прибыл в Москву Иерусалимский патриарх Феофан и предложил соборно рассмотреть дело Дионисия. Призванный к ответам Дионисий, в присутствии обвинителей своих, был спрошен и, по ясным и правильным ответам своим, признан не только невинным, но и правым и с честью возвращен в обитель свою. Патриарх Феофан посетил Лавру. Встретил его Дионисий вне монастыря с крестным ходом, со святыми иконами, с зажженными в руках свечами и кадилами дымящегося фимиама. Все окрестное народонаселение сопутствовало шествию. Патриарх прослезился, после вечерни по просьбе Дионисия благословил трапезу, потом присутствовал при всенощном бдении, наутро перед литургией окроплял святой водой святые иконы и прикладывался как к ним, так и к святым нетленным мощам угодника Божия и чудотворца Сергия, которого святой лик, по приказанию патриарха, архимандрит открывал святейшему, вслух всех произнесшему похвалу преподобному Сергию и молитвенное благодарение Господу, дарующему верующим упование спасения молитвами Пречистой Своей Матери и всех святых. Слова патриарха переводил толмач.
За литургией, которую совершал сам патриарх, последовала трапеза. Святейший Феофан ничего не вкушал, проливая обильные слезы. Дионисий с братией скорбели; поняв их недоумение, святейший поспешил успокоить их, объяснив, что слух о скорбях, постигших святую Лавру и архимандрита Дионисия от врагов, гонителей их за Христа, за правую веру, достиг и до всех церквей восточных. Все эти бедствия были известны и ему. Ныне же видев, что страдания эти послужили многим во спасение, он, как был общником скорби их, так ныне сделался начальником их радости. Плакал с плачущими и радуется с радующимися.
Затем патриарх пожелал видеть тех иноков, которые принимали участие в сечах и боях с врагами отечества. Ему было представлено более 20 человек; между ними первенствовал Афанасий Ощерин, старец, украшенный пожелтевшими сединами. С ним вступил патриарх в беседу и на вопрос святейшего, какому подвигу старец дает преимущество – уединенной ли молитве или подвигу перед всеми людьми? – Афанасий отвечал: «Всякая вещь и дело, Владыко святый, в свое время познаются… что я творил и творю – все только ради послушания», – и, обнажив седую голову свою, продолжал: «Вот подпись латинян на челе моем, еще же и в лядвиях моих шесть памятей свинцовых обретаются; а в келье, сидя на молитве, можно ли было из доброй воли найти таких будильников для воздыхания и стенания? Все же сие было не нашим произволом, но повелением пославших нас на службу Божию». Патриарх, встав от трапезы, поцеловал старца, благословил его и всю дружину иноков-воинов и отошел на отдых.