В состав ГУКР «Смерш» с апреля 1943 года входили следующие отделы, начальники которых были утверждены 29 апреля приказом наркома обороны Иосифом Сталиным:
1-й отдел – агентурно-оперативная работа в центральном аппарате Наркомата обороны (начальник – полковник госбезопасности, затем генерал-майор Иван Иванович Горгонов);
2-й отдел – работа среди военнопленных, проверка военнослужащих Красной Армии, бывших в плену (начальник – подполковник госбезопасности Сергей Николаевич Карташев);
3-й отдел – борьба с немецкой агентурой, забрасываемой в тыл Красной Армии (начальник-полковник госбезопасности Георгий Валентинович Утехин);
4-й отдел – работа на стороне противника для выявления агентов, забрасываемых в части Красной Армии (начальник – полковник госбезопасности Петр Петрович Тимофеев);
5-й отдел – руководство работой органов «Смерш» в военных округах (начальник – полковник госбезопасности Дмитрий Семенович Зеничев);
6-й отдел – следственный (начальник – подполковник госбезопасности Александр Георгиевич Леонов);
7-й – оперативный учет и статистика, проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, проверка работников, командируемых за границу (руководитель, полковник А.Е. Сидоров, видимо, был назначен позднее, т. к. в приказе от 29 апреля 1943 года данные отсутствуют);
8-й отдел – опертехники (начальник – подполковник госбезопасности Михаил Петрович Шариков);
9-й отдел – обыски, аресты, наружное наблюдение (начальник-подполковник госбезопасности Александр Евстафьевич Кочетков);
10-й отдел (отдел «С») – работа по особым заданиям (начальник – майор госбезопасности Александр Михайлович Збраилов);
11-й отдел – шифровальный (начальник-полковник госбезопасности Иван Александрович Чертов).
Также имелись политотдел, состоявший из начальника – полковника Никифора Матвеевича Сиденькова и машинистки; аппарат 16 помощников (по числу фронтов) начальника ГУКР (69 человек, по должности – начальников отделений, старших опреуполномоченных и их помощников); административно-финансово-хозяйственный отдел (начальник – подполковник госбезопасности Сергей Андреевич Половнев); отдел кадров (начальник – полковник госбезопасности Иван Иванович Врадий) и секретариат (полковник Иван Александрович Чернов).