В октябре 1941 года – Директива НКВД СССР «Об организации учета находящихся на излечении в военных госпиталях работников особых органов НКВД и дальнейшего их использования». Документ, в частности, предписывал: «сотрудников (особистов), выписанных из госпиталей, пропускать через врачебные комиссии и признанных военной комиссией годными к службе в полевых условиях направлять к месту прежней службы». Также указывалось, что «обо всех случаях прибытия сотрудников особых органов в военные госпиталя при их выбытии или зачислении на работу в аппараты НКВД – УНКВД и ОО военных округов сообщать по месту их прежней службы и в 5-е отделение Отдела кадров НКВД СССР[39].
В декабре 1941 года – приказ НКВД СССР о проведении отбора и специальной подготовки чекистских кадров для укомплектования Особых отделов НКВД и директива о мероприятиях по подготовке кадров для работы в Особых отделах НКВД.
Эти мероприятия свидетельствовали о дефиците кадров для подразделений военной контрразведки. В этом нет ничего удивительного. С одной стороны, формировались новые воинские подразделения, а с другой – многие «особисты» погибали в течение нескольких месяцев службы. Так, ветеран военной контрразведки генерал-майор Леонид Иванов был четвертым оперуполномоченным в батальоне (трое его предшественников погибли в течение первого года войны).
15 июня 1943 года Иосиф Сталин подписал приказ ГКО об организации школ и курсов ГУКР «Смерш». Согласно тексту этого документа необходимо было создать четыре «постоянных школы: 1-ую Московскую – на 600 чел., 2-ю Московскую – на 200 чел., Ташкентскую – на 300 чел., Хабаровскую – на 250 чел. со сроком обучения от 6 до 9 месяцев и курсы с 4-х месячным сроком обучения в гг. Новосибирске – на 200 чел. и Свердловске – на 200 чел.».
В ноябре 1943 года Новосибирские курсы по подготовке оперативного состава были реорганизованы в школу ГУКР «Смерш» НКО СССР с комплектом 400 слушателей и с шестимесячным, в дальнейшем годичным, сроком обучения. Занятия начались во второй половине января 1944 года. В июле 1944 года был произведен первый выпуск школы – 289 человек были отправлены на фронт. В августе 1944 года произведен второй набор – 264 человека.
Всего за годы Великой Отечественной войны в Новосибирске на курсах Особого отдела и ГУКР «Смерш» было подготовлено около 4000 военных чекистов