2-е отделение (Главное сануправление, Ветеринарное управление, фронтовые и окружные санслужба и ветслужба, органы Военного Сообщения (ВОСО), Главное автодорожное управление, Квартирно-эксплутационное управление (КЭУ), Главвоенстрой, Военпроект, академии).
6-й отдел (майор ГБ Семен Петрович Юхимович; войска НКВД):
1-е отделение (пограничные войска и учебные заведения войск НКВД);
2-е отделение (внутренние войска и войска охраны тыла фронтов);
3-е отделение (железнодорожные, промышленные и конвойные войска);
4-е отделение (органы военного снабжения войск НКВД).
7-й отдел (А.Ф. Соловьев; оперативный учет):
1-е отделение (действующий учет по управлению особых отделов, отчетность фронтовых особорганов, учет изменников Родины, шпионов, диверсантов, террористов, трусов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветского элемента, особый учет изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних);
2-е отделение (проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной, мобилизационной и ТОС (технике особой секретности) работе, проверка работников, командируемых за границу, и личного состава Красной Армии и Военно-Морского Флота).
8 отдел (Михаил Петрович Шариков; шифровальный):
1-е отделение (шифровальное);
2-е отделение (агентурно-оперативное обслуживание шифроорганов Красной Армии, инспектирование шифрорганов ОО, учет и пересылка шифров).
9-й отдел (майор ГБ Петр Андреевич Гладков; по обслуживанию ВМФ):
1-е отделение (Главный морской штаб, Разведуправление ВМФ, Школа Разведупра, командование управлений наркомата, части и учреждения НКВМФ центрального подчинения, руководство по линии указанных объектов периферией);
2-е отделение (управление ВВС, штаб ВВС, узел связи ВВС, руководство по линии ВВС периферией, управление ПВО).
10-й отдел (майор ГБ Иван Иванович Горгонов; по руководству контрразведывательной работой особых органов фронтов и округов).
11-й отдел (Александр Евстафьевич Кочетков; по обслуживанию инженерных и химических войск, саперных армий, оборонительного строительства и войск связи).
12-й отдел (Петр Михайлович Чайковский; по обслуживанию Главного управления формирований и комплектования РККА).
Аппараты, подчиненные УОО НКВД СССР:
ОО НКВД НИИ ВВС Красной Армии и Монинского авиагарнизона;