31 июля 1929 году в Нью-Йорке Рапкин женится на Саре Маламуд. В 1932 году у Рапкиных рождается дочь Клод. В этом же году Академия наук присуждает ему Prix Pourat по физиологии. Помимо своих исследований, он продолжает свое образование в Ecole pratique des hautes études (секция естественных наук) и на факультете наук в Париже.
В июле 1936 при поддержке первого заместителя Государственного секретаря по научным исследованиям, назначенного правительством Народного Фронта, Рапкин создает французский Комитет для приема и организации работы зарубежных ученых, в тесном сотрудничестве с английским комитетом The Society for the Protection of Science and Learning. Он приходит на помощь беженцам- ученым: евреям, немцам и австрийцам, а также испанским и португальским антифашистам.
28 сентября 1939 года Рапкин с женой получают французское гражданство.
В январе 1940 года находится в Лондоне в качестве служащего Французской Миссии. Летом того же года директор Национального центра научных исследований Ложье поручает ему информационную миссию в Англии по вопросам биохимии. Капитуляция Франции, а затем разрыв дипломатических отношений между Францией и Великобританией 08 июля 1940 года, ставят крест на этом проекте.
На встрече с Ложье в Нью-Йорке в августе 1940 Рапкин разрабатывает реальный план спасения ведущих французских ученых в сотрудничестве с Фондом Рокфеллера. Так он помог спастись тридцати ученым и их семьям, нахождение которых в оккупированной Франции было особо опасно. Луи Рапкин спас не только жизни многих людей, но и сохранил научный потенциал Франции.
В декабре 1941 года генерал Де Голль утверждает создание в рамках Делегации "Свободной Франции" в Нью-Йорке научного отдела, руководителем которого назначается Луи Рапкин. Его задачей является участие французских ученых в военных разработках союзников.
В августе 1944 он объединяет французских ученых, находящихся в Англии, в группу, которую и возглавляет. Это объединение станет первым шагом на пути к их возвращению во Францию. В сентябре 1945 года Рапкин отправляется в США для переговоров с Фондом Рокфеллера о выделение средств для Национального центра научных исследований. Он получает два гранта в течение трех лет: на покупку оборудования для лабораторий (250.000 $) и для организации международных симпозиумов (100.000 $).