В западной части Средиземного моря реальную силу тогда представляла англо-португальская эскадра под командованием контр-адмирала Г. Нельсона. Восточная же часть моря оставалась практически свободной для действий французов.
На суше в Южной Италии некоторую военную силу сохраняло Неаполитанское королевство. В Египте и на Балканах слабое противодействие французам могли оказать войска Оттоманской Порты. В стратегическом плане к середине 1798 года возникла острейшая проблема сколачивания политической коалиции, способной открыть Восточный фронт в восточном Средиземноморье и преградить путь французской коалиции в юго-восточном направлении.
Именно поэтому ещё до заключения дипломатического соглашения, на основе предварительных договорённостей, в срочном порядке были сформированы соединённые русско-турецкие эскадры. И, после оценки обстановки, они были направлены к Ионическим островам, чтобы захватив их, перекрыть выход из Адриатического моря в Средиземное море, прервать коммуникацию Северная Италия, Венецианская республика – Египет, не допустить высадки французского десанта и последующего наступления на Балканах. К тому времени Г. Нельсон сумел в Абукирском сражении разгромить группировку французско-испанского флота, прикрывающую с моря французскую армию в Египте и получить господство на море в западном и южном Средиземноморье. Его эскадра блокировала французскую армию у Александрии и крепость Валетта на острове Мальта.
Соединённые русско-турецкие эскадры начали свои действия в конце сентября и к ноябрю 1798 года освободили большинство Ионических островов, блокировали крепость Корфу и тем самым завоевали господство в Ионическом море. В итоге, совместными усилиями всех союзников французская армия в Египте оказалась отрезанной от метрополии и была обречена. В ходе Ионической компании русско-турецких эскадр была подготовлена стратегическая база для того, чтобы, опираясь на господство в Средиземном море и в Австрии, в ходе следующей кампании наступлением сухопутных войск с востока освободить Венецианскую республику и Апеннинский полуостров.
Новая стратегическая задача, как видно сегодня специалистам, решалась наступлением по двум направлениям – российско-австрийских войск под командованием А.В. Суворова с востока на запад (Итальянский поход) и российско-неаполитанских войск с юго-востока (провинция Манфредония) на северо-запад Апеннинского полуострова (Неаполь) и далее к Чивитта-Виккии и Риму. Наступление на втором направлении в ходе Итальянской компании было не менее важным и успешным, чем наступление в ходе Итальянского похода. Российско-неаполитанские войска с конца апреля по середину июня 1799 года освободили всю юго-восточную Италию и столицу Королевства Обеих Сицилий – Неаполь, восстановив Неаполитанское Королевство. Основные силы англо-португальской и русских эскадр (к этому моменту их было уже несколько) сконцентрировались к осени у западного побережья Италии (турецкая эскадра покинула Средиземное море). Ф.Ф. Ушаков возглавил поход российско-неаполитанских войск на Рим и вскоре эти войска заняли Вечный город.