Между тем М.И. Войнович оставался пассивным наблюдателем жаркого боя авангардов, не поддержав своего младшего флагмана, хотя и следовал тем же курсом (см. схему). Восемь кораблей российского центра и аръергарда вели перестрелку с противником на дистанциях 3–4 кабельтова, хотя, по мнению М.И. Войновича, эта дистанция была сознательно выбрана турками, как недоступная для эффективной стрельбы русских 12-фунтовых фрегатских орудий.
Пассивность российского командующего позволила нескольким турецким выйти из строя и оказать поддержку кораблям капудана-паши. При этом турецкий вице-адмиральский корабль дважды загорался от брандскугелей с фрегата «Кинбурн», а потом был поражён «Св. Павлом» с повреждением фок-мачты. Контр-адмиральский корабль противника, на котором была сбита фор-стеньга, также не смог эффективно поддерживать Гассана-пашу.
В последующие трое суток – до самого Херсонеса (на входе в Севастополь) – турецкий флот следовал за русским, находясь мористее, но атаковать более не решился. М.И. Войнович по-прежнему ожидал атаки в сомкнутой линии и в подветренном положении, надеясь на своего младшего флагмана. 5 июля он писал Ушакову: «Если подойдет к тебе капитан-паша, сожги бачушка, проклятого… Если будет тихо, посылай ко мне часто свои мнения о том, что предвидишь… На тебя моя надежда, в храбрости нет недостатка». Шесть подобных писем опубликованы (Документ, док.33–38). К вечеру 6 июля 1788 года турецкий флот повернул в море, а утром 7 июля скрылся из виду в направлении к берегам Румелии (Европейской Турции).
Сражение при Фидониси, в которой молодой Черноморский корабельный флот, как считается, одержал первую победу над противником в открытом море, было выиграно благодаря блестящим действиям авангарда Ф.Ф. Ушакова.
По возвращению в базу между М.И. Войновичем и Ф.Ф. Ушаковым вспыхнул конфликт. Основной причиной стало то, что до М.И. Войновича дошли слухи, будто бы Ушаков в кругу офицеров дурно отзывался о поведении флагмана во время сражения. Позже историки обвиняли его также в том, что всю победу, командующий флотом, приписал себе (документами этот факт не подтверждается). В своём донесении Потёмкину он исказил ход сражения, обошёл вниманием действия авангарда эскадры (документами этот факт не подтверждается), не пожелал представить к наградам указанных Ушаковым командиров и других офицеров (это действительно так). Ушаков, узнав об этом, написал Потёмкину о том, что никогда не высказывался относительно поведения Войновича, всегда уважал и стремился выполнить все требования начальника, заслужить его благосклонность, которую не получает. Однако Ф.Ф. Ушаков указал, что реляция о сражении составлена «Реляцию его превосходительство соображал с одними свими мыслями, рапортом, поданным мною, был недоволен (как после из писем же его я узнал), число неприятельских кораблей, которые были в бою, написал не то, сколько их было», и т. д. Ф.Ф Ушаков попросил уволить его с военной службы по состоянию здоровья (Документы, док.41–43). Г.А. Потёмкин сумел разобраться в положении дел, помирить флагманов, объявив обоим «свою признательность» (Документы, т.1 док.45). Ф.Ф. Ушаков в августе за отличное руководство в сражении у о. Фидониси был награждён орденом Св. Георгия IV класса (М.И. Войнович – орденом Св. Георгия III класса).