Статья I гласила: «Его Величество Император Всероссийский, последуя Своему правосудию и во изъявление приязни и Высочайшего Своего благоволения к знаменитому Мальтийскому Ордену, признает за благо, подтверждает и ратификует за себя и Преемников Своих на вечныя времена, во всем пространстве и торжественнейшим образом заведение помянутаго Ордена в своих владениях <…>».
Статья II: «Его Величество Император <…> жалует в собственность оному Ордену ежегодно по 300 тыс. польских злотых <…>».
Статья V: «Великому Приорству в России состоять из сана Великаго Приорства и из десяти Командорств».
Специальными статьями (XXXII–XXXIV) был установлен особый мундир для великого приорства Российского и правила ношения его и знак ордена: «Великий Приор и Командоры только будут иметь право носить орденский крест на шее, а прочие Кавалеры должны носить малый крест в петлице».
Конвенция с Россией лишь частично компенсировала потери Мальтийского ордена, которые он понес от французской революции и продолжал нести. Все новые территории отходили к Франции (в частности, по Кампоформийскому договору 1797 года – в настоящее время пишут «Кампо-Формийскому»), и везде орден терял свою собственность и доходы. И уж тем более она не смогла защитить от надвигавшейся непосредственной угрозы самому острову.
Тем временем, сначала в ноябре 1797 года, затем в феврале 1798 года последовали указы вице-адмиралу Ф.Ф. Ушакову (командующему Черноморским корабельным флотом), Н.С. Мордвинову (главе Черноморского адмиралтейского правления, Главному командиру Черноморскими флотами), вице – адмиралу П.И. Лежневу (командующему гребным флотом) о принятии мер по обороне берегов Крыма и о приведении флота в боевую готовность на случай внезапного нападения. В апреле-мае император дал указание об организации крейсерства между Одессой и Севастополем, чтобы в случае внезапного появления флота противника (предполагалось, что это будет турецкий флот в союзе с французами) в Черном море дать ему сражение. Получил указания и командующий войсками в южных губерниях генерал – лейтенант П.М. Дашков. Так были задействованы военные меры противодействия Франции.
В июне 1798 года на пути из порта Тулон в Египет французский флот, на кораблях которого находилась армия под командованием генерала Бонапарта, бросил якорь у острова Мальта. Бонапарт действовал решительно, а малочисленный гарнизон и рыцари ордена Святого Иоанна не могли оказать действенного отпора. Между французами и орденом была подписана конвенция, в соответствии с которой Мальта переходила под суверенитет Франции, а рыцари должны были покинуть остров в течение трех дней.