Несмотря на крайне сочувственное расположение к нему судей и усиленные увещевания открыть свое настоящее имя и звание и этим спастись от кары, старец упорно продолжал называть себя бродягою. На основании существовавших в то время законов суд приговорил Феодора Козьмича за бродяжничество к наказанию 20-ю ударами плетью и – как неспособного по возрасту к военной службе и тяжелым работам в военной крепости – к ссылке в Сибирь на поселение. Старец Феодор приговором остался доволен.
В сентябре 1836 г. в арестантской партии под конвоем он был отправлен по этапу в Томскую губернию, где был приписан к деревне Зерцалы, Боготольской волости, Ачинского уезда, куда и прибыл 26 марта 1837 г.
Во время долгого следования этапом по сибирским дорогам Феодор Козьмич своим поведением, деятельной заботой о слабых и больных арестантах, теплыми, утешительными беседами расположил к себе не только всю партию ссыльных, но и этапных офицеров и конвойных солдат, которые также оказывали ему свое уважение, охраняли от неприятностей и негодных людей, отводили особое помещение на ночлегах. Для него было даже сделано особое исключение из общих правил пересылки ссыльных: Феодор Козьмич не был скован, как прочие арестанты.
Прибыв к месту поселения, старец Феодор был помещен на казенный каторжный Краснореченский винокуренный завод в 15 верстах от Зерцал, где прожил первые несколько лет, но не участвовал в каких-либо принудительных работах. В дальнейшем, имея неодолимое желание безмолвия и избегая человеческой славы, он часто менял свое место жительства, проживая то в Зерцалах, то в соседних селениях: станице Белоярской, селе Краснореченском, в деревне Коробейниково, всегда избирая по возможности тихое и уединенное место. Последние шесть лет своей жизни старец провел в Томске, куда перебрался, следуя усиленным просьбам горячо его почитавшего томского купца Семена Феофановича Хромова, у которого и поселился, сперва на заимке в окрестностях Томска, а затем и в самом городе.
Подвиг, который нес праведный старец, известен с глубокой христианской древности под названием странничества. «Странничество, – учил великий наставник духовной жизни преподобный Иоанн Лествичник, – есть невозвратное оставление всего, что в отечестве сопротивляется нам в стремлении к благочестию». По слову того же святого, подвиг странничества воспринимается с тем намерением, чтобы сделать мысль свою неразлучною с Богом. Всемерно удаляясь от мира и «того, что в мире», старец Феодор вел жизнь суровую, полную самопроизвольных лишений. Жильем ему служил всякий раз небольшой дом, состоящий из тесной келлии с маленьким окошком и небольших сеней. Спал старец на голой доске, которую со временем по его просьбе обили грубым холстом. При этом праведный Феодор, которому шел уже восьмой десяток лет, заметил: «Тяжело телу становится». Подушку заменял деревянный тесаный чурбан. В келлии также находились простой стол и несколько скамеек – для посетителей. В переднем углу висели иконы, по стенам – картины с видами святых мест (подарки многочисленных почитателей). Одежда старца, как и его келлия, была чрезвычайно простой. Летом он ходил в одной белой длинной рубашке из деревенского холста, (которых у него было только две), подпоясанный тонким ремешком или веревкой, таких же шароварах. Зимой надевал поверх рубахи длинный темно-синий халат или, когда выходил на холод, старую вылинявшую сибирскую хожу (шубу мехом наружу). На ногах носил обыкновенные (зимою – толстые) чулки и простые кожаные туфли.