В целом Византия была сильнее мелких латинских властелинов и постепенно отвоевывала у латинян свои земли в Греции. Однако крестоносцы были не единственными и не главными врагами империи. Самая большая угроза исходила от турок.
Ещё с середины XI века турки возглавляемые султанами из рода Сельджука, поэтому их называли турками-сельджуками, угрожали Византийским провинциям в Малой Азии и на Кавказе. Постепенно турки, пользуясь беззащитностью страны и внутренними раздорами империи, захватили почти всю Малую Азию, где ими был создан Иконийский (Румский) султанат. С течением времени силы турок-сельджуков и византийцев уравнялись, частые военные конфликты, сменялись продолжительным миром, даже заключались политические союзы. Между государствами наладилась торговля. В Константинополе образовалась значительная колония турецких торговцев. Им было позволено построить в городе мечеть.
В целом правители Иконийского султаната ни когда не претендовали на абсолютную власть над Византией. Тем более в XII веке начинается распад единого государства Сельджукидов. В это время среди многочисленных мелких турецких правителей в Анатолии выделяется Осман-Гази (1259 – 1324/26), начавший новое объединение турецких племён под своей властью. Он же стал основателем новой династии турецких султанов, а самих турок с этого времени стали именовать турками-османами.
Окрепнув, османы вновь начинают завоевывать Малую Азию. Самым главным византийским опорным пунктом в Анатолии был город Никея. Турки приступают к захвату Никеи и осаждают город 32 года. Только в 1338 году они смогли овладеть Никеей и подступиться к Константинополю. Сразу атаковать столицу империи турки не решаются. Город хорошо укреплён, а турки, наученные долгой осадой Никеи, не верят в свои силы. Зато они успешно наступают на Балканах.
Землетрясение в Галлиполи в 1354 или 1355 году дало возможность османам занять этот порт и превратить его в свою базу, для дальнейшего натиска на Балканы. В 1369 году турки захватили Андрианополь, а чуть позднее овладели всей Фракией и Македонией.
Разобщённые славянские государства были не способны к серьёзному сопротивлению. В 1389 году турки наносят поражение объединённой христианской армии в битве на Косовом поле. В 1392 году занимают древнюю столицу Болгарии – Тырново.