При этом в церковном управлении и суде не произошло существенных перемен- патриарху была передана та же самая власть, какую прежде имел митрополит.
XVII век. События «Смутного времени» тяжело сказались на положении монастырей. «В писцовых книгах новгородских пятин, после смутного времени, постоянно встречаем, при описании монастырей и церквей, такие слова: «на посаде монастырь, разорен до основания, игумена и старцев нет ни одного человека, церковь ветхая, стоит без пения…». [25, Т.X Кн. I. с.217-218].
Как пишет об этом историк Б.Д. Греков, «… церкви и монастыри с самoго начала XVII века очутились в тяжелом положении, и очень немногие из них могли без посторонней помощи найти себе путь к лучшему существованию». [26, c.322].
В своем исследовании Б.Д. Греков отмечает, что за возрождение обителей брались не только иноки, но и миряне. Чтобы стать строителем пришедшего в упадок монастыря, нужно было подать челобитье в Москву, где царь или Патриарх делали соответствующее распоряжение местной епархиальной власти». Б.Д. Греков выделяет два вида строительства или возрождения обителей: «Попытка строительства монастыря со стороны мирян начинается с желания обстроить монастырь, призвать в него братию и настоятеля, посадить крестьян и бобылей- одним словом, вдохнуть в него новую жизнь, но обыкновенно оканчиваются признанием невозможности выполнить всю тяжесть задачи и передачей своих прав более сильному монастырю или владыке Новгородскому. Это строительство нужно отличать от другого строительства- игуменства: мы знаем строителей двух типов: это или 1) строитель- лицо стоящее во главе монастыря, как церковнoго учреждения. Непременно лицо духовнoго чина- иеромонах, диакон, иеродиакон и т.п. 2) или строитель- владелец монастыря и монастырской вотчины, взявший на себя с разрешения власти обязательство на собственные средства «строить» монастырь, т.е. заботиться о его материальном и всяком другом благополучии». [27, c.322-323].
При этом, как отмечает Б.Д. Греков, «Строитель, кто бы он ни был, имеет право владения монастырем и его вотчиной по писцовым и переписным книгам, т.е. опираясь на те же оправдательные документы, что и всякий землевладелец в Московском государстве; имеет он, повидимому и право передачи своих прав другому лицу, но осуществляет это свое право всегда с помощью авторизации государства, хотя сделка иногда и предшествует дозволению». [28, c.324].