До двенадцати лет, когда он перешёл в первый класс средней школы, Кимитакэ жил и воспитывался в доме бабушки, Нацуко Нагаи. Даже с матерью он мог видеться только с разрешения бабушки. Совместная жизнь с Нацуко, которая забрала болезненного Кимитакэ у родителей и, оградив его от внешнего мира, воспитывала в строгих и утончённых аристократических традициях, оказала на формирование будущего писателя огромное влияние. Склонная к истерии Нацуко, несмотря на постоянные психологические стрессы, вызываемые её поведением у Кимитакэ, была тонким ценителем национального японского театрального искусства «Кабуки», созданного женщиной, переодетой в мужчину.
Ценила бабушка Юкио Мисимы и древний японский театр «Но». Именно она привила своему любимому внуку Кимитакэ любовь к прозе и театру.
Тяжелые болезни и постоянные недомогания, из-за которых Мисима не принимал участия в играх сверстников и часто пропускал школу, тоже наложили неизгладимый отпечаток на личность будущего знаменитого писателя. Мисима рос впечатлительным и одарённым ребенком, много времени проводившим за чтением книг. Привилегированную школу он закончил с отличием, получив в награду именные серебряные часы из рук самого божественного Тэнно, Небесного Владыки, Небесного Государя – Императора Японии Хирохито. Это событие врезалось в память юноши на всю оставшуюся жизнь, во многом предопределив его отношение к личности и сану Императора.
По воле властного отца, Мисима поступил, как в своё время и его родитель, на юридический факультет Токийского университета, где изучал германское право. К этому же периоду жизни будущего писателя относится его сильное увлечение литературой немецкого романтизма, перешедшее впоследствии в интерес к сочинениям Томаса Манна и философии Фридриха Ницше. Глубокой душевной травмой для молодого человека, во многом предопределившей всю его будущую жизнь и судьбу, стало его признание негодным к службе в рядах японской Императорской Армии, ввиду крайней слабости здоровья.
Второй, еще более глубокой, душевной травмой стала для Мисимы, как и для подавляющего большинства японцев, капитуляция Императорской Японии 15 августа 1945 года, которой завершилась Вторая мировая война на Тихом океане и в Китае. Потоком последовавшей за этим «черным днем японских Императорских Армии и Флота» череды повальных самоубийств, продиктованных правилами самурайского кодекса чести «бусидо», ставшего к описываемому времени духовным достоянием значительной части японской нации, был захвачен и покончивший с собой 19 августа на территории Малайи лейтенант японских оккупационных войск (а в прошлом – известный литературный критик) Дзэммэй Хасуда, бывший в то время кумиром и духовным наставником Мисимы.