Летом 1913 года Шнитникова в экспедиции сопровождал его пятнадцатилетний сын Арсений. Он был очарован незабываемой картиной голубого озера-моря Иссык-Куля. На долгие годы Иссык-Куль станет его судьбой и поможет создать климатическую теорию, известную сегодня всему миру как теория Шнитникова. Но прежде ему довелось участвовать в двух мировых войнах и Гражданской войне в качестве военного пилота.
Теория многовековых колебаний увлажненности климата материков и циклического развития горного оледенения возникла у Асения Шнитникова при производстве аэросъемки ледников Тянь-Шаня, горного озера Иссык-Куль и степных озер Западной Сибири и Северного Казахстана. За это открытие он был удостоен золотой медали имени Н. М. Пржевальского Географического общества СССР.
В своей истории озеро Иссык-Куль подвержено вековым колебаниям. С удивительным постоянством его уровень то понижается, то повышается. Своей ритмичностью донные отложения озера отображают многовековые перемены климата. Особенно хорошими индикаторами климатических колебаний являются горные ледники. Шнитниковым было установлено, что ледники Тянь-Шаня с момента максимума последней ледниковой эпохи, именуемой вюрмом (11,7 тыс лет назад), повсеместно сокращались и поднимались все выше и выше в горы. Это сокращение носило стадиальный возвратно-поступательный характер: ледники то опускались в долины, то отступали, оставляя у своих «языков» конечные морены и озера. В 1957 году Шнитников, обобщив в своей книге «Изменчивость общей увлажнённости материков Северного полушария» громадный фактический материал, выделил и описал 1850-летние климатические периоды послеледниковой эпохи. Каждый 1850-летний ритм подразделяется на две фазы: теплую и сухую длинную (около 1200 лет), холодную и влажную короткую (около 400 лет) – и переходные этапы.
Арсений Владимирович Шнитников стал основоположником учения о ритмах в природе. Ритмичность природных процессов определяется вращением Земли вокруг своей оси (суточные циклы), вращением Луны вокруг Земли (месячные циклы), вращением Земли вокруг Солнца (годичные циклы), солнечной активностью (одиннадцатилетние циклы), космическим полетом Земли во Вселенной (1850-летние циклы) и другими Галактическими более продолжительными циклами неизвестного происхождения. Со всеми эти ритмами на земле связаны и эпохи горообразования, и великие экспансии ледников, смена ландшафтов и климата, и пути эволюции человечества.