Крамольные идеи бродили в его голове с юности, и он делился ими с друзьями. Смелость и независимость мысли и суждений молодого философа, видимо, навлекли на него гнев всемогущих общинных старейшин. В обосновании херема говорится, что Спиноза распространял чудовищно ложные учения и не поддавался никаким увещеваниям.
Хотя многие единоверцы и отвернулись от Спинозы, он не стал изгоем. В Амстердаме Спиноза был душой кружка образованных людей. Кружок ”спинозистов” продолжал изучать и пропагандировать идеи учителя (а учитель был подчас моложе своих последователей!) и после его отъезда из Амстердама. Изгнанный из города по требованию руководства общины, Спиноза поселился неподалеку в деревушке Оверкерк, где его поддерживали друзья. Здесь он провел несколько месяцев, после чего вернулся в город. Чем жил Спиноза в дальнейшем? Не желая всецело зависеть от друзей (отец его умер за два года до отлучения, и связи его с семьей оборвались), он научился шлифовать стекла и достиг такого мастерства, что оптики охотно покупали его товар. Остальное время было заполнено научными и философскими занятиями.
Спиноза был хрупкого здоровья, он унаследовал от рано умершей матери туберкулез. Он знал о своей болезни, потому отказался от мысли жениться, вел жизнь скромную и размеренную. Бедность не угнетала его, он научился довольствоваться малым, более всего ценил возможность познания и независимого труда. Ценя уединение, он не был анахоретом, а оставался любезным, благовоспитанным, полным достоинства человеком, общения с ним искали. В Амстердаме он провел четыре года, покинул его добровольно в 1660 году, три года прожил близ Лейдена, а затем переселился в предместье Гааги.
В Амстердаме в 1663 году был опубликован труд Спинозы ”Основы философии Декарта”, единственное произведение, которое вышло при жизни автора под его именем. Книга выросла из лекций, которые он читал единственному ученику (бывают же такие счастливчики!), студенту теологического факультета Лейденского университета.
Почему именно о Декарте вел Спиноза беседы со своим учеником? Великий философ, математик, физик и физиолог Рене Декарт (1596–1650), всемирно известный своим постулатом: ”Cogito, ergo sum” (”Мыслю, следовательно, существую”), был старшим современником Спинозы и в известной степени соотечественником. Француз по рождению, Декарт всю сознательную жизнь провел в Голландии, по уровню образования и благосостоянию превосходившей в ту пору другие европейские государства. Ее республиканское устройство способствовало свободомыслию. Учение Декарта, его ”новая философия” завоевали умы голландской профессуры. Не только в голландских, но и в бельгийских и ближайших университетах Германии философия была преобразована в духе учения Декарта. Он первым заявил о самостоятельности философии как науки. До этого философию изучали как придаток теологии, курсы богословия и философии читали одни и те же профессора.