Так зародились личные, откровенные и непредвзятые отношения с лидерами ФРЕЛИМО. За откровенным и открытым диалогом, с взаимным признанием идентичности другой стороны, последовало сотрудничество в области развития, а также культурный обмен, в знак бескорыстной дружбы. Это также сделало более пластичными африканских марксистов ФРЕЛИМО, которые рассуждали в жестких идеологических формулировках.
Среди прочего, они были убеждены в непатриотичной сущности мозамбикской Церкви. Однако последняя пострадала от колониализма, о чем говорит хотя бы тот факт, что первый священник мозамбикского происхождения был назначен только в 1950 году, после столетий португальского присутствия. Состоялся также целый ряд встреч с руководителями Святого Престола. Но реальное начало нормализации отношений между государством Мозамбик и католической Церковью ознаменовала неожиданная встреча между Саморой Машелом и Иоанном Павлом II в сентябре 1985 года в Риме.
Эта аудиенция, внезапная и неожиданная, была организована Общиной святого Эгидия, в то время как президент Мозамбика летел из Нью-Йорка в Рим. Самора Машел не решался пойти к папе без приглашения и отказывался подчиняться ватиканскому протоколу, предполагающему просьбу об аудиенции. Но идея встречи лицом к лицу, «на равных», привлекала его. Потребовалась некоторое воображение, чтобы обойти процессуальные трудности. Последний лед растаял в Саморе Машеле, когда он узнал, что он не будет обязан преклонять колени перед папой, но сможет стоя просто пожать ему руку. Так была осуществлена встреча с папой Иоанном Павлом II, имевшая большое символическое значение и ставшая еще одним шагом к разрядке напряженности между мозамбикскими католиками и партией ФРЕЛИМО. На Самору Машела встреча с папой «произвела большое впечатление», и он кроме прочего признал в нем «подлинного националиста». Президент позже с гордостью показывал фотографии этой встречи.
Однако в то время высказывались самые разные мнения по вопросу мира. В 1987 году Конференция епископов Мозамбика, с меньшим страхом, чем ранее, в Пастырском послании «Мир, которого хочет народ» открыто потребовала прямых переговоров между правительством ФРЕЛИМО и РЕНАМО. Но время еще не пришло, и предложение епископов было встречено весьма критично, с сильным противодействием со стороны ФРЕЛИМО.