Гонококковые колонии всегда оксидазоположительные, но оксидазоположительными могут быть и другие бактерии, вырабатывающие в процессе своей жизнедеятельности цитохромную оксидазу, например, непатогенные нейсерии. Поэтому такие колонии микроорганизмов обязательно нужно исследовать при окраске по модифицированному способу Грама. Некоторые штаммы N. gonorrhoeae (ауксотипы), нуждаются в дополнительных веществах при культивировании на питательных средах.
Чувствительность метода в большой степени зависит от качества взятия образца, транспортировки проб и условий культивирования и при однократном посеве может не достигать 40%. При этом в России однократный отрицательный ответ при микроскопии и посеве нередко служит основанием для выдачи окончательного отрицательного ответа.
Иммунологические методы. Метод прямой иммунофлюоресценции пригоден для дифференцирования гонококков в культуре и менее информативен при исследовании мазков, приготовленных из отделяемого очагов поражения. Иммуноферментный анализ не обладает большой информативностью. Серологические методы диагностики гонореи не позволяют различить перенесенную и текущую инфекцию. Перекрестнореагирующие антитела к Neisseria meningitidis служат причиной ложноположительных результатов. Поэтому серодиагностике свойственна очень низкая предсказательная ценность отрицательного результата.
МАНК имеют преимущества перед культуральными и микроскопическими методами: более высокая чувствительность как при наличии симптомов, так и при бессимптомном течении инфекции у женщин, возможность использования образцов, полученных неинвазивным путем, быстрота и автоматизация процесса диагностики. Доказана его эффективность для одновременной детекции гонококков и хламидий. Они направлены на обнаружение специфических фрагментов ДНК и/или РНК гонококков с использованием тест-систем, разрешенных к применению в России, но пока не определены порядок их проведения и требования к выполнению исследований. Тем не менее, МАНК, используемые для диагностики гонококковой инфекции, имеют некоторые существенные ограничения, например, более высокую стоимость, риск контаминации и ингибирования, в большинстве случаев неоптимальную специфичность и, что, наиболее важно, отсутствие возможности получения данных об антибиотикорезистентности микроорганизма. Ложноотрицательный результат дают штаммы с продукцией β-лактамаз. Описаны случаи ложноположительного результата при тестировании образцов, содержащих N. Subflava. Для исключения ложноотрицательных результатов из-за присутствия в материале ингибиторов амплификации требуется постановка контролей. Положительный результат теста в экстрагенитальном материале при низком уровне заболеваемости гонореей на территории требует подтверждения другим методом.