В училище Иоанн получил фамилию своего двоюродного брата – Тихомиров, так как отец его не имел собственной фамилии, что в те времена в среде духовенства встречалось нередко. В Шуе маленький Иоанн вынужден был жить у чужих людей на квартире. Хозяйка квартиры была набожная добрая женщина, ночи напролет усердно молилась, а в воскресенье и праздничные дни с первым ударом колокола вставала и будила всех, никому не позволяя оставаться дома, всех непременно отправляя в церковь.
Обладая незаурядными способностями и особым прилежанием, Иоанн благополучно прошел училищный курс.
Одиннадцати лет он стал круглым сиротой, потеряв 14 марта 1830 года самого дорогого и близкого человека – свою матушку, умершую от простуды. Господь не оставил сироты: руководство училища, как примерному ученику, назначило ему казенное содержание по 60 рублей в месяц. Каникулы он проводил у родных и, чтобы не быть им в тягость, помогал как мог. «В Горицах помогал двоюродным сестрам, занимавшимся тканьем простой пестряди, на Пустынке разделял с зятем их земледельческие труды: жал хлеб, возил с поля снопы, молотил».
Вскоре Иоанн Тихомиров, как лучший ученик училища, был определен на учебу во Владимирскую духовную семинарию. Жить пришлось в бурсе и в такой ужасной бедности, что вместо суконного сюртука он имел только нанковый, который носил как в будничные, так и в праздничные дни. К родным на каникулы добирался пешком.
«Однажды, – писал владыка Савва, – хотелось мне побывать на празднике Пасхи у зятя и сестры, я с некоторыми товарищами пошел пешком. Пасха была ранняя, 26 марта. В полях было множество снега, который начал уже таять по дороге; в долинах, между гор, образовались почти целые реки, обойти их было невозможно, и мы должны были идти в одном месте не менее версты водой выше колен, но, пришедши на ночлег, высушили мокрую обувь и платье и на другой день пошли домой как ни в чем не бывало. Так была крепка еще молодая натура!»
По окончании семинарского курса будущий иерарх сильно заболел и поэтому не смог поступить на учебу в духовную академию.
«Что же мне, горькому сироте с единственными десятью рублями, оставалось делать? Двери бурсы для меня тоже затворены, я должен был оставаться на наемной квартире, иметь свой стол и прочее содержание. До сих пор, пользуясь всегда казенным содержанием, я не испытывал ни в чем особенной нужды, а теперь я должен был встретиться с нищетой лицом к лицу. Поиски уроков и священнических вакансий были безуспешны. Пришлось пристроиться ради куска хлеба на должность смотрителя семинарской больницы за два рубля в месяц с правом жить при больнице и пользоваться столом».