С началом Второй мировой войны и в силу военных успехов Германии новый первоиерарх РПЦЗ митрополит Анастасий начал рассматривать возможность переноса церковного центра в Швейцарию. Отношение военной германской администрации в Югославии к Архиерейскому Синоду РПЦЗ, в сравнении с отношением к Сербской Церкви, было скорее благожелательным. Но связь Синодальной канцелярии с другими странами после начала войны сделалась невозможной. Переписка с другими странами прервалась. Ранее налаженные сношения с Америкой и Дальним Востоком тоже оказались прерваны. С началом оккупации Сербии почта не шла даже в Германию. Германское руководство явно стремилось держать РПЦЗ в информационной изоляции.
22 июня 1941 года в покоях митрополита Анастасия сотрудниками гестапо был проведён обыск. Митрополит слыл у немцев англофилом. Также были произведены обыски в канцелярии Архиерейского Синода и на квартире правителя дел синодальной канцелярии Григория Граббе. Митрополит Анастасий воздержался от издания какого-либо послания в связи с началом войны на территории СССР. Но часть русских эмигрантов приветствовала начало войны между Германией и СССР, связывая с ним скорый крах большевистского режима в России. Отдельные иерархи – митрополит Западноевропейский Серафим (Лукьянов) в своём послании от 22 июня 1941 года, а также Архиепископ Берлинский и Германский Серафим (этнический немец с фамилией Лядэ) – и некоторые другие клирики РПЦЗ поддержали «освободительный поход» Вермахта против СССР, считая коммунистический режим гораздо бомльшим злом для России.
Даже в США в июле 1941 года эмигрантский Русско-американский комитет обратился с заявлением к президенту США Ф. Рузвельту, подписанным, среди прочих, архиепископом Североамериканским и Канадским (РПЦЗ) Виталием (Максименко), в котором говорилось: «…Германия вторглась в Советскую Россию, и в иных кругах высказывается мнение, что Америка без промедления должна прийти на помощь СССР. Комитет, представляющий лояльных американцев русского происхождения, с большою тревогою и глубоким прискорбием констатирует явно обозначающееся стремление отдельных чинов Администрации к оказанию Америкою помощи не России, не русским, а красной диктатуре в лице Сталина. Мы полагаем, что было бы фатальной ошибкой для Соединённых Штатов выступать на защиту советов по следующим основаниям: во-первых, современная Россия находится под властью гнусной клики международных заговорщиков, известной под именем Коминтерна, стремящейся путём разлагательной пропаганды или же насилием ниспровергнуть законные правительства во всём мире».