В 346 г. Афанасий торжественно вернулся в Александрию, где сразу провел небывалую реформу: стал возводить на епископские кафедры монахов. До этого епископами становились опытные в придворных или административных делах христиане, умевшие общаться с властями. Монашеский епископат становился самоуправляемым – ему не нужно было выстраивать отношения с чиновниками, напротив, чиновники должны были научиться правильно общаться с новыми епископами. Констанций был недоволен самостоятельностью Афанасия, вызывал его не раз к себе, – но даже захват действующей армией всех храмов не позволил задержать Афанасия, которого опять спрятали монахи, а обычные горожане не питали никакой приязни к бесчинству солдат. С 356 по 362 г. Афанасий жил в пустыне, писал трактаты и письма; при этом ему удавалось ездить за пределы Египта и даже много раз навещать Александрию, где он частным образом вел беседы с единомышленниками.
Парадоксальным образом возвращению Афанасия в Александрию способствовал император Юлиан, возродивший язычество как официальную религию Империи. Юлиан считал, что управлять множеством народов, входящих в Империю, можно только с помощью могущественных символов. Солнце и Луна, Олимп и Парнас годились на роль таких символов, тогда как в Библии, считал Юлиан, раскрываются только частные судьбы отдельных людей. Конечно, язычество Юлиана было слишком притворным для того, чтобы стать живой исторической силой: сам Юлиан был рядовым философом, умеющим поставить религию на службу своим рациональным целям, а вовсе не религиозным вождем. Рассчитывая на скорый крах христианской церкви под тяжестью внутренних споров, Юлиан распорядился в 362 г. вернуть всех епископов на их кафедры. Но император неверно представлял себя жизнь Церкви: он считал, что православные и арианские епископы окончательно разрушат церковь выяснениями, кто должен быть на кафедре – но так можно разрушить философскую школу, а не Церковь. В Церкви одаренный епископ сможет найти себе друзей, и вернуть себе влияние благодаря чувству внутренней правоты, которое разделят с ним и его друзья – какие-либо интриги, опрокидывающие самого интригана в ту же пропасть недоумений, здесь просто не нужны. Дружба сердец подскажет те решения, которые не будут стратегическими или тактическими, но просто станут единственной возможностью прожить в согласии после долгих смут. В конце концов, Юлиан сам испугался того влияния, которое Афанасий стал приобретать в Александрии, и распорядился его задержать – Афанасию пришлось в очередной раз прятаться в пустыне среди монахов.