Линия руководства была сохранена и при смене руководства Военной комиссии, когда во главе ее встал депутат Государственной думы А.И. Гучков. 1 марта он издал приказ о наведении порядка в частях, направленный на защиту офицеров[26]. В этот же день он выступил с речью перед общим собранием офицеров Петроградского гарнизона в зале «Армия и Флот». В собрании участвовали более одной тысячи офицеров. Гучков призвал офицеров начать мирную работу, организовать части, быть вместе с солдатами, внушать солдатам намерения поддерживать новый строй[27].
ВКГД принимал участие в назначении начальствующих лиц, в том числе и начальника гарнизона Петрограда. Так, обязанности главнокомандующего войсками Петроградского военного округа исполнял генерал Н.С. Аносов, который был назначен на эту должность 2 марта приказом председателя ВКГД М.В. Родзянко. Потом на эту должность был назначен генерал-лейтенант Л.Г. Корнилов. М.В. Родзянко послал соответствующую телеграмму о его назначении начальнику штаба Верховного главнокомандующего генералу М.В. Алексееву[28].
И впоследствии в условиях выборности командного состава частей Военная комиссия ВКГД стремилась сохранить свой контроль над воинскими формированиями. Имелись случаи, когда Военная комиссия утверждала командиров, выбранных солдатами. Например, 3 марта Военная комиссия утвердила в должности заведующего общим составом офицерской кавалерийской школы поручика Тиме.
Об исключительной роли Военной комиссии в революционных событиях дает представление документ под названием «Краткий очерк деятельности Военной комиссии при Временном комитете Государственной думы с 27 февраля по 3 апреля 1917 года», который подписал третий председатель Военной комиссии генерал-майор Потапов. В этом документе имеется Краткий перечень работ, исполненных Военной комиссией:
1. Боевое руководство восставшими войсками.
2. Организация борьбы с эшелонами, высланными из армии под командой генерала Иванова, для борьбы с революцией.
3. Участие чинов Военной комиссии в деле ликвидации вопросов отречения Николая II от престола, вопроса о регентстве и установлении ныне существующего управления страной.
4. Установление нового строя во всех тех местностях, где были проявлены властями растерянность и противодействие, причем в некоторых случаях приходилось принимать решительные меры к удалению сторонников павшего строя.