В 1939 году ему было уже семьдесят два года. Он чувствовал усталость и просил у Пия XI (того самого Ратти) разрешения уйти на покой. Однако понтифик скончался всего через две недели после того, как Сапега подал прошение, и оно осталось без последствий. Когда началась война, митрополит решил не покидать город. Этому невысокому щуплому человеку пришлось на старости лет взвалить на себя бремя опекуна и ходатая за униженный народ Польши. Неоднократно он обращался с протестами к властям генерал-губернаторства по поводу нацистского террора, писал римскому папе Пию XII, финансировал единственную разрешенную гитлеровцами благотворительную организацию и организовал тайную семинарию, куда под видом приходских секретарей принимал учеников. По свидетельству знавших его, он также тайно крестил евреев и выдавал им поддельные документы108.
Войтыла много позже отзывался о нем с восторгом и благоговением: «<…> наш воспитатель, наш отец, отец из отцов». За него он вознес одну из самых проникновенных своих молитв: «Да заплатит тебе Бог за все, чем был ты для нас, для меня, для всех поляков в страшное время оккупации. И пусть вечный покой твоей души будет наградой за все твои труды и дела земной жизни… Да заплатит тебе Бог»109.
Митрополит, помнивший Войтылу еще по Вадовицам, сделал его одним из помощников на утренней мессе, которую служил в личной часовне. Теперь Кароль вставал на рассвете, чтобы к половине седьмого успеть во дворец архиепископа. Затем спешил на фабрику, а после работы заворачивал на кладбище проведать могилу отца. Вечерами он либо выполнял семинарские задания, либо репетировал с Котлярчиком. Иногда давал уроки латыни своему товарищу по «Живому розарию» Малиньскому. На утреннюю мессу мог явиться прямиком с ночной смены110.
Сапега болел душой за своих воспитанников. Они рисковали жизнью, тайно обучаясь в семинарии. Однажды гестаповцы арестовали пятерых студентов, кого-то расстреляли на месте, других увезли в Аушвиц. В апреле 1944 года в собственной квартире схватили семинариста Ежи Захуту – еще одного собрата Войтылы по «Живому розарию». На следующий день его имя появилось в списке казненных, который немцы вывешивали на стенах домов111. Шестого августа 1944 года из‐за поднятого в Варшаве восстания оккупанты провели большую облаву в Кракове. За один день схватили более восьми тысяч человек. В Дембниках расстреляли директора одной из школ вместе с женой. Жандармы врывались в квартиры, хватали всех мужчин, каких встречали. Войтыла и Котлярчик спаслись чудом: немцы почему-то не заглянули в то помещение, где они находились. А уже на следующий день Сапега велел всем семинаристам собраться в его дворце, где он на свой страх и риск перешел к очной форме обучения. Войтыле до октября еще приходили запросы из «Сольвея», потом его вычеркнули из списка работников – помогли связи митрополита