Отдельного разговора заслуживает отношение усташских властей к бошнякам-мусульманам. Как известно, в состав НГХ вошла вся Босния и Герцеговина. Отношение же новой Хорватии к бошнякам было совсем иным, нежели к сербам. Формально, на декларативном уровне, бошняки-мусульмане считались полноправными гражданами НГХ. Более того, лидеры усташского движения называли бошняков «цветами хорватства», говоря о них как об элите хорватской нации. Бошняки могли вступать в ряды усташей.
Тем не менее, и бошняки-мусульмане также подвергались репрессиям и уничтожению. Об этом свидетельствует множество публикаций и показаний очевидцев. Так, 4 мая 2014 года на бошняцком интернет-портале SAFF была опубликована статья публициста Саладина Ковачевича, в которой описывались такие случаи.
Вот один из них. Бакир Изетбегович, бывший Председатель Президиума Боснии и Герцеговины, интересовался судьбой двух братьев своей матери – Мухаммеда и Бакира Реповац. Он был в курсе того, что оба стали жертвами усташского террора, но не знал, как и где они погибли. В семье Мухаммеда полагали, что он был убит в Ясеновце, про Бакира же знали лишь то, что он был убит.
Отец братьев, Исмет Реповац, в своем заявлении от 4 мая 1946 года предположил, что оба его сына убиты в Ясеновце. Но позже судьба Мухаммеда и Бакира все же выяснилась. О ней мы можем узнать из анкеты Союза борцов народно-освободительной войны (сербскохорв. Savez udruženja boraca Narodnooslobodilačkog rata – SUBNOR), хранящейся в Архиве Боснии и Герцеговины:
«Фамилия, имя отца, имя: Реповац Исмет Мухаммед
Год рождения: 1921
Место рождения: Острожац
Арестован и интернирован в лагерь Ясеновац 01.01.1942
Убит 01.03.1943 в лагере Ясеновац
Фамилия, имя отца, имя: Реповац Исмет Бакир
Год рождения: 1920
Место рождения: Острожац
Арестован в Сараеве 07.08.1944, интернирован в лагерь Лепоглава
Убит 31.10.1944 в лагере Лепоглава»
Таких случаев было множество. О своей семейной трагедии рассказал известный бошняцкий академик Абдулла Сидран, режиссер, писатель и журналист: «Мой дядя по отцу, Абдулла, был весьма известен и уважаем. Мы все его любили. Кстати, и имя мне дали в его честь. В душе он был убежденным антифашистом и ярым противником НГХ. Усташи его арестовали и депортировали в лагерь Ясеновац. Там они подвергали его жутким мучениям, а затем убили».