Уже в 1777 году, будучи уже лейтенантом и преподавателем Морского кадетского корпуса, он составляет «Треязычный морской словарь на Английском, Французском и Российском языках в трёх частях», где была собрана специальная морская терминология и дан её анализ. А спустя всего 15 лет, в период временной опалы, Шишков стал членом литературной Российской Академии. Российская Академия по инициативе Шишкова издаёт с 1805 года «Сочинения и переводы», в которых он помещает свои оригинальные и переводные статьи, свой перевод «Слова о полку Игореве» и обширнейший его разбор. Одновременно он выступает и как историк. В 1799 году в признательность за большое количество написанных трудов по истории русского военно-морского искусства он был назначен на должность историографа флота.
Именно литературная деятельность помогла вернуться Шишкову из опалы к государственной деятельности. В 1812 году Александр I, прочитав «Рассуждение о любви к отечеству» Шишкова, решил снова призвать его к государственным делам. Перед войной с Наполеоном Шишков назначается на должность государственного секретаря на место удалённого Сперанского, а в 1813 году с отставкой с поста госсекретаря становится членом Государственного Совета. Поразительно малоизвестен факт, что именно ярко выраженный славянофил Шишков считается главным идеологом Русской Империи во время Отечественной войны 1812 года. За время войны он пишет все важнейшие воззвания, манифесты, приказы и рескрипты, включая и манифест о всеобщем ополчении, и известие об оставлении Москвы русскими войсками.
Сразу после войны с Наполеоном Шишков возглавил Российскую Академию (которая действовала в противовес Академии Наук, где преобладали иностранцы) и занимал её до самой смерти. Шишков активно выступал против деятельности учреждённых князем Голицыным в 1817 году Министерства духовных дел и народного просвещения и Российского библейского общества. Да так, что после отставки в 1824 году Голицына, которого добилась «русская партия» во главе с Аракчеевым, и куда входил и сам Шишков, он был назначен на пост министра народного просвещения и главноуправляющего делами иностранных вероисповеданий.
И при такой огромной общественной и государственной деятельности Шишков не оставлял свои научные работы, уделяя большое внимание развитию как российской, так и общеславянской филологии, заботясь о сохранении чистоты русского языка, протестуя против господства французского языка у аристократии. Шишков одним из первых осуществил попытку организовать кафедры славяноведения при российских университетах, создать Славянскую библиотеку в Петербурге, в которой были бы собраны памятники литературы на всех славянских языках и все книги по славяноведению.