В этом труде Гюйгенс утверждал, что для движущихся тел имеет физическое значение только относительная скорость этих тел. Так он стал первым ученым, сформулировавшим принцип относительности движения, состоящим в том, что системы отсчета, которые движутся по отношению друг к другу с постоянной прямолинейной скоростью, равноценны для описания физических явлений. Эта эквивалентность называется в настоящее время принципом относительности Галилея, но правильнее было бы называть ее принципом относительности Гюйгенса.
В 1665 году Гюйгенс был приглашен в Академию наук, где с энтузиазмом включился в решение разных теоретических и прикладных задач. Он, например, испытал ход часов с маятником на плавающих кораблях, оценил скорость света и длину окружности земного шара. За время работы в Академии Гюйгенс написал две важные книги: «Маятниковые часы» (1673) и «Трактат о свете» (1690), где предположил существование промежуточной материи – эфира – из очень плотно упакованных частиц. По мнению Гюйгенса, свет распространяется последовательными толчками, а каждая частица эфира действует как передаточный центр.
Гюйгенс исходил из конечности скорости света, опровергая устоявшееся мнение о его бесконечной величине и поддерживая наблюдения датского астронома Оле Ремера, оценившего скорость света более чем в 200 000 км/с (действительная скорость равна почти 300 000 км/с). В его теории свет распространялся, заполняя сферическое пространство фронта волны. Причем любая точка фронта волны сама являлась источником новых вторичных волн и фронтов. Этот принцип, который применим ко всем волновым явлениям в материальных средах, известен как принцип Гюйгенса.
В труде «О причине тяготения», опубликованном в 1690 году, ученый ввел особый вид «тонкой эфирной материи», состоящей из неких мельчайших частиц (мельче, чем частицы светоносного эфира). По мысли Гюйгенса этот «гравитационный эфир» циркулирует вокруг Земли во всех направлениях с очень большой скоростью, а сама сила тяготения возникает из-за того, что при столкновении с частицами «гравитационного эфира» материальные тела получают импульс, направленный в сторону Земли. Эта вычурная модель не могла объяснить очень многие закономерности тяготения, в частности постоянство ускорения силы тяжести для всех тел. Поэтому еще при жизни Гюйгенса его модель полностью уступила теории всемирного тяготения Ньютона.