Последовала критика со стороны Александра Николаевича и в адрес научной работы: «Мне приходилось читать много тех разработок, которые поступают из научного центра Дипакадемии. Могу сказать, что есть очень интересные, очень толковые разработки, но есть, к сожалению, проходные и несерьезные, неинтересные работы. Конечно, потом вы получаете хорошие отзывы, и мы знаем, как это делается. Но когда говорят, что среди аспирантов большое количество гениальных людей, я все-таки позволю себе усомниться, что за три месяца, за полгода можно написать прекрасную докторскую диссертацию. В это я никогда не поверю, я и сам защищал два раза диссертации, поэтому знаю, что это не так. Здесь также надо посмотреть контингент тех, кто хочет защищать диссертации, кто представляет свои работы. Нужны более жесткие требования».
Речь кандидата в ректоры прозвучала диссонансом с другими выступлениями. Все ораторы в основном говорили о достижениях Академии под руководством Ю.Е. Фокина. На достижениях (и не только) сделал акцент и участвовавший в конференции первый заместитель министра иностранных дел А.И. Денисов, хотя и констатировал: «…Каковы бы ни были показатели работы Академии, совершенно очевидно, что сама жизнь диктует необходимость перестройки, причем перестройки глубокой, я бы сказал – модернизации учебного процесса и других направлений деятельности. Эта модернизация идет, и об этом много говорилось в докладе Ю.Е. Фокина. Есть такие новые направления деятельности Академии, которые очень приветствуются в МИДе, в других ведомствах. Вообще межведомственный характер переподготовки кадров – это очень важная, правильная и глубоко позитивная тенденция в деятельности Академии. Прежде всего, приходит на ум очень хорошо реализованная идея организации курсов подготовки госслужащих различных министерств и ведомств для работы в рамках нашего председательства в «Группе восьми». Здесь уже упоминались курсы подготовки наблюдателей на выборах и т. д.».
У многих сотрудников Академии критическая тональность высказываний А.Н. Панова породила недоумение. Перед голосованием ко мне подходили коллеги и спрашивали, следует ли поддерживать кандидатуру Александра Николаевича, учитывая его настроения. Я убеждал: «Голосуйте “ за”, Панов – мой старый товарищ, великолепный специалист и интеллигентный человек». Итоги выборов: за Александра Николаевича проголосовало 114, против – только 9 человек.