Развал СССР нанёс сокрушительный удар по элите спецназа. «Альфа» горько переживала предательство, никто не понимал, что происходит и куда идёт страна. Уничтожение оборонки, разложение армии, продажа черноморского флота, американские советники повсюду – всё это выбивало почву из-под ног. Наверное, так же чувствовали себя русские офицеры после революций 1917 года. Нищета 90-х затронула и Группу «А». И хотя после ГКЧП[4] её вместе с «Вымпелом»[5] из ведения КГБ передали в ГУО[6], где зарплату хоть как-то платили, экипировку для многочисленных командировок бойцам зачастую приходилось покупать за свой счёт. Сотрудники подрабатывали, как могли: ездили на «стрелки», «крышевали», по ночам охраняли банки. Ушло много толковых ребят. Кто-то окунулся в бизнес, стал создавать охранные структуры. К середине 90-х подразделение потеряло почти половину состава.
Переломным моментом стал 1993 год, когда президент страны приказал «Альфе» и «Вымпелу» взять штурмом осаждённое войсками здание Верховного Совета, где находились оппозиционные Ельцину депутаты. Но они выполнили приказ не так, как хотел Борис Николаевич. Офицеры «Альфы» без штурма проникли в здание и под свои гарантии сумели вывести опальных депутатов. Ельцин остался очень недоволен. «Вымпел» был передан в структуру МВД, после чего его покинула бо́льшая часть личного состава[7]. «Альфу» отстоял руководитель ГУО Барсуков. Но офицеры понимали, что отныне их судьба висит на волоске: малейшее своеволие – и они разделят участь «Вымпела».
Накануне войсковой операции в Чечне подполковник Поляков вместе со своим подразделением находился в Прохладном, недалеко от Моздока. «Альфа» серьёзно прорабатывала план ликвидации Дудаева и его ближайших соратников. Это позволило бы урегулировать ситуацию без большой войны, которая назревала на Кавказе. Все помнили штурм дворца Амина, и подобная операция в Грозном даже той, постперестроечной «Альфе», была вполне по силам. В Грозном работала агентура, выезжали на разведку и сотрудники подразделения. Но руководство России сделало ставку на чеченскую оппозицию, щедро снабдив её оружием и боеприпасами и отправив ей в помощь танки и авиацию. Тот первый, «неофициальный» штурм Грозного провалился, вошедшие в город танки были сожжены, часть российских солдат погибла, часть попала в плен. Президент России наотрез отказался разговаривать с Дудаевым, решив показать, «кто в доме хозяин». Шла подготовка к вводу крупных федеральных сил на территорию мятежной республики. «Альфе» больше там делать было нечего.