Самым важным его профессиональным делом, тем, о чем он размышлял, чем жил и работал в последнее время, – была философия психотерапевтической практики. Александр Моховиков представлял психотерапию, в частности гештальттерапию, как культурную практику, как стиль жизни, который предполагает определенные философские основания. Этими основаниями для него были философия экзистенциализма и феноменологии. Именно с экзистенциально-феноменологической точки зрения он рассматривал психотерапевтический процесс, психотерапевтическую деятельность в целом и жизнь психотерапевтического сообщества. Терапевтические отношения Александр Моховиков понимал как форму столкновения и терапевта, и клиента с пограничной ситуацией в духе Карла Ясперса. Оригинальная трактовка Моховиковым идей Ясперса внесла значительный вклад в практику кризисной психотерапии. Сформулированные им дилеммы развития для каждой специфической пограничной ситуации выступили своего рода картой экзистенциального кризиса, картой той местности, где даже опытный специалист может потеряться. В своей работе, как и в жизни, Александр Моховиков не прятался за социальной ролью терапевта, врача, преподавателя, а был готов принимать вызовы бытия. Философские основания профессии были для него не декларацией, а личной жизненной философией.
Имея серьезный бэкграунд в виде полученного образования, опыта клинической практики, научной и преподавательской деятельности, А. Моховиков искал подход к клинической реальности, к дилемме несовместимости естественно-научного и феноменологического подходов в клинической диагностике, который бы соответствовал его философскому мировоззрению. И последние его работы и выступления так или иначе вращаются вокруг этой проблематики.
А. Моховиков считал, что психотерапевт должен «уметь находиться в диагностическом расщеплении и одновременно обладать навыками сочетания этих двух разнородных подходов». Наиболее близки ему в этом вопросе были Карл Ясперс и Людвиг Бинсвангер. С их идеями он соглашался, спорил, развивал их. Так, Ясперс, пытаясь соотнести феноменологическую и естественно-научную установки, сближал понятия «феномен» и «симптом», определяя последний как «субъективный феномен». А Моховиков, в свою очередь, доказывал, опираясь на базовые принципы гештальт-подхода, что феномен гораздо ближе к понятию синдрома. Ведь когда клиницист проводит диагностику, он воспринимает психопатологическое состояние пациента не по частям, а как нечто целое, как завершенную форму, как совокупность составляющих его элементарных частиц (симптомов), то есть как синдром. Вслед за Бинсвангером, он отклоняет дихотомию «норма-патология» и рассматривает условную ненормальность психически больного как новую форму бытия-в-мире, которая познается через экзистенциальные структуры и процессы – модусы бытия. Анализ шести модусов бытия, сопровождающийся блестящими клиническими иллюстрациями, задает четкие ориентиры для экзистенциально-феноменологической диагностики психических заболеваний.