В феврале 1941 года вскоре после своего назначения Жуков, при поддержке Тимошенко, добился перевода в подчинение Генерального штаба военной контрразведки, которая прежде относилась к ведомству НКВД. Ну представьте себе, переведя всё на язык нынешний, что глава какой-то крупной фирмы обращается к высшему надзорному органу и говорит, мол, вы тут нам проверку хотите прислать, так, пожалуйста, отдайте этих самых проверяющих в наше полное подчинение…
Смешно? Смешно. А в феврале 1941 года случилось именно так. Воспользовавшись тем, что началась реорганизация, которая предусматривала разделение НКВД СССР на два наркомата НКВД и НКГБ, Тимошенко направил Сталину и Молотову докладную записку с просьбой передать военную контрразведку в ведение Генерального штаба. В этой записке он отметил, что «коренная перестройка функций командования, направленная на укрепление единоначалия и сосредоточения в руках командира всех органов управления», требует соответствующих изменений и в этом важнейшем органе. То есть начальник Особого отдела РККА должен подчиняться наркому обороны и начальнику Генерального штаба и назначаться на должность приказом наркома. Сыграло роль то, что в данный период принималось немало различных решений, направленных на исправление недостатков, обнаженных в ходе советско-финской войны. Этим и воспользовался нарком обороны, убедив Сталина, что передача в его подчинение военной контрразведки укрепит единоначалие в Красной армии. Сталин нередко вынужден был идти навстречу руководству армии, если обоснования были вразумительными. А уж Тимошенко постарался… Так же точно при своём назначении наркомом он вытребовал упразднение института военных комиссаров, и с июля 1940 года в армии вместо комиссаров появились политработники, уже не имеющие таких прав, которые имели комиссары.
Вот и теперь, 3 февраля 1941 года, было принято постановление Политбюро ЦК ВКП(б) «О передаче Особого отдела из НКВД СССР в ведение Наркомата обороны и Наркомата Военно-морского флота СССР».
Пройдут годы, и маршал Жуков будет писать и говорить о том сложном времени так: «И.В. Сталин допустил непоправимую ошибку, доверившись ложным сведениям, которые поступали из соответствующих органов…» А как же быть с тем фактом, что одним из этих органов был возглавляемый им Генеральный штаб, с тем что и сам он пытался убедить Сталина в том, что Германия войны не начнёт, пока не разделается с Англией. Как быть с тем, что многие разведданные, получаемые наркоматом обороны от военной разведки, высшему руководству страны не докладывались?