10 сентября, когда уже показались первые Алеутские острова, ветер резко изменил направление. В течение двух суток суда пытались лавировать, но вскоре начался шторм. Сопротивляться ему было невозможно. На кораблях задраили люки и «положились на волю Божью». 15 сентября, когда буря улеглась, потерявшие друг друга корабли направились к заранее обговоренному на такой случай месту встречи, бухте Беринга на Командорах. Из трех галиотов к берегу пристали только два. «Св. Михаил» с шестьюдесятью двумя пассажирами на борту исчез. Шелихов отправил людей на байдарках обойти вокруг острова. Остальные члены экипажа стали готовиться к зимовке. Строили землянки, собирали саранный корень (луковицы камчатской лилии), ловили рыбу, охотились на тюленя и сивуча. Когда парусиновые крыши землянок засыпало снегом, Шелихов приказал всем не сидеть сложа руки, а трудиться: ставить ловушки на песца, охотиться на тюленя, переплетать снасти, следить за состоянием парусов и товара, – он понимал, что бездействие в таких условиях может стать причиной болезни. Однако с охотой дела шли неважно: за сорок лет промысловики истребили на Командорах почти всю живность, а лучшее средство от цинги – свежее мясо и кровь. Несмотря на все предосторожности и старания нанятого в Охотске подлекаря сержанта Мирона Бритюкова, к весне двое умерли.
Но жизнь брала свое. В мае Наталья Алексеевна родила крепкую, здоровую девочку, которую Григорий окрестил Авдотьей. Косвенным доказательством тому может служить письмо Шелихову от 29 декабря 1787 года, которое направил ему купец Павел Лебедев-Ласточкин. Сообщая о разных делах, он добавляет: «…вчерашнего дня Авдотья Григорьевна, Ваша дочь, американка, с Анной Григорьевной и с Катериной Григорьевной и с бабушкой их у жены моей в гостях были, то подлинно говорунья, даром что на островах жизни начало получила, а не в Питере, но истинно не замешается в словах по ее детскому еще бытию…»
16 июня 1784 года заново оснащенные суда были спущены на воду и пустились в дальнейшее плавание. На тот случай, если «Св. Михаил» уцелел, в брошенном лагере сложили пирамиду из камней, а под ней оставили бутылку с письмом. Наталья Алексеевна, вступив на борт с двумя детьми, один из которых – месячный младенец, молилась Богу, чтоб все обошлось… Но уже через три дня «Три Святителя» и «Св. Симеон и Анна» потеряли друг друга в густом тумане.