По указанию Ставки ВГК войска Северо-Кавказского фронта 16 марта перешли к обороне, начав подготовку новой наступательной операции с целью разгрома противника на Таманском полуострове. Кроме того, была проведена реорганизация войск. 46-я армия, передав 395-ю стрелковую дивизию в состав 37-й армии, сдала ей и свой участок фронта, после чего ее начали поэтапно выводить в тыл. Штаб Черноморской группы войск был ликвидирован. 47-я армия также сдала свой участок 18-й десантной армии (так она называлась в период с высадки десанта у Мысхако до начала апреля, когда армия была формально разделена на две части, а войска на плацдарме были объединены в Десантную армейскую группу).
Тем временем, в связи с явными неудачами и невыполнением всех поставленных планов, на Кубань отправился нарком НКВД, заместитель председателя Госкомитета обороны и по совместительству постоянный советник Ставки Лаврентий Берия, которому Сталин уже второй раз поручил лично разобраться, «что там происходит на Северном Кавказе у нас?» Прибыв в штаб своего ставленника (как сейчас говорят, «креатуры») Масленникова, он стал лично определять «приоритеты», направления ударов, назначать и смещать командиров и политработников. Как водится, деятельность Лаврентия Павловича не обходилась без постоянных угроз, матерщины и прочего хамства, от которых пострадали многие генералы. «Серьезный вред действиям войск Северо-Кавказского фронта нанесла деятельность Берии, который вторично прибыл на Кавказ в марте 1943 г. во время наступления наших войск в низовьях Кубани, – вспоминал Андрей Гречко. – Берия, как и в августе 1942 г., своими распоряжениями нарушал управление войсками, самолично и необоснованно снимал с ответственных командных и штабных должностей заслуженных, опытных генералов и офицеров. Все это крайне отрицательно влияло на успех наступательных действий войск фронта». Берия оставался теневым командующим Северо-Кавказского фронта вплоть до середины апреля, когда туда прибыли другие представители Ставки.
17 марта.
Штаб 17-й армии снова обхитрил штаб Северо-Кавказского фронта. В то время как наши войска уже несколько дней «закреплялись на занимаемых рубежах», а бригады «приводили себя в порядок», в ночь на 17 марта немцы неожиданно начали отход с наиболее выдвинутых вперед позиций на «линии Посейдона» (по берегу р. Протока). Позади для них уже был подготовлен новый рубеж на берегу Черноерковского канала.