Стоит отметить, что советское командование в целом и штаб Северо-Кавказского фронта (командующий генерал-полковник Иван Масленников[3]) в частности сами облегчили немцам выполнение их задачи. В конце января основные силы СКФ (9-я, 58-я, 44-я армии и приданные им кавалерийские части) были брошены не в западном направлении, то есть к напрямую к Таманскому полуострову, а на северо-запад – преследовать отходящие части 1-й танковой армии и в направлении Ейска. Главной задачей на тот момент стало блокирование пути отхода на Ростов для 17-й армии, куда она отходить и не собиралась. Разгром же Таманской группировки был поначалу возложен на войска левого крыла фронта и части Черноморской группы войск (47-я, 56-я, 18-я и 46-я армии) во взаимодействии с Черноморским флотом. Кроме того, штаб СКФ был почему-то на 100 % уверен, что противник не собирается долго оборонять Кубань, а лишь создает условия для планомерного вывоза всех своих войск и техники в Крым. Причем это заблуждение царило у советского командования даже спустя два месяца, когда сражение приняло ожесточенный и затяжной характер.
Пока шли бои в районе Краснодара, Черноморская группа войск Закавказского фронта (5 февраля объединена с Северо-Кавказским фронтом) совместно с Черноморским флотом начала операцию по овладению Новороссийском. Ее замысел состоял в том, чтобы высадить морской и воздушный десант в районе Южной Озерейки (к юго-западу от города), а затем одновременными ударами 18-й десантной армии (18-й ДА) со стороны черноморского побережья и 47-й армии к востоку от Новороссийска окружить и уничтожить части 5-го армейского корпуса. После этого советские войска должны были продвигаться в общем направлении на Темрюк и Тамань с тем, чтобы отрезать остальным частям 17-й армии отход к портам и не дать ей переправится в Крым. При этом с целью дезориентации противника и распыления его сил непосредственно в окрестностях Новороссийска (в районе Станички) предполагалась высадка вспомогательного (или отвлекающего) морского десанта.
Тщательно отработанная на учениях и державшаяся в глубоком секрете операция должна была начаться в 01.00 4 февраля. Однако этот план не учитывал времени года и погодных условий. При погрузке войск на транспорты в Геленджике из-за шторма и сильного ветра произошла значительная задержка. Это привело к нервозности и отдаче противоречивых приказов. В 00.12 контр-адмирал Басистый, который командовал группой транспортов, попросил вице-адмирала Владимирского, командовавшего группой огневой поддержки (легкие крейсеры «Красный Крым», «Красный Кавказ» и лидер «Харьков»), отложить начало обстрела побережья в месте высадки. В итоге крупные корабли вынуждены были какое-то время курсировать вдоль побережья, рискуя при этом быть обнаруженными. Когда же об этом «самоуправстве» узнал командующий операцией вице-адмирал Октябрьский, он потребовал открыть огонь согласно первоначально утвержденному плану. Но этот приказ поступил на мостик Владимирского только спустя 45 минут. Между тем авиационная группа ВВС ЧФ, которая должна была нанести бомбовый удар по Глебовке и Васильевке, а затем высадить там воздушный десант, вообще не была поставлена в известность о задержке с подходом десантного флота. Как потом оказалось, это во многом и сыграло роковую роль в дальнейших событиях.