Многие исследователи полагают, что именно на территории Эндирея, или в непосредственной близости от данного населенного пункта «находилась столица Хазарского Каганата – Семендер» (Ахметова Ф. В. Надиров И. Межэтнические общности и взаимосвязи фольклора народов Поволжья и Урала. Казань: АН СССР, 1983. С. 135). Валерий Кирюхин в своей работе приводит предание, согласно которому «Князь Святослав был в Эндери, который являлся в то время одним из центров Хазарского каганата» (Кирюхин В. С. Отражение современной истории, этнических связей и национальных отношений в русском фольклоре на Северном Кавказе, а также на Дону, Прикаспии, Яике… М., 2000. С.196).
На территории селения Эндирей, в 1 км к северу от села, на правом берегу реки Акташ, близ мельницы часто находят кости южного слона, жившего в начальную пору четвертичного периода. Кости этого животного здесь были обнаружены местными жителями при работах по проведению оросительного канала в 1922 г. (Исаков М. И. Археологические памятники Дагестана. Махачкала: Дагкнигоиздат, 1966.С.40). О происхождении топонима существует ряд весьма разноречивых мнений и предположений, согласно которым этот населенный пункт:
а) назван по имени беглого донского казачьего атамана из «ермаковых скопищ» Андрея, якобы основавшего новое село (по другим версиям – нашедшего на западных берегах Каспия опустевший каменный городок), в котором поселился самым первым и «в свое имя назвал» (Шихсаидов А. Р., Оразаев Г. М.-Р., Айтберов Т. М. Дагестанские исторические сочинения… С. 205).
С. Ш. Гаджиева считает попытку связать название селения Эндери с русским именем Андрей бездоказательной. Андреево, или Андреева деревня, как ее называют русские источники 16—18 вв., напротив, скорее всего искаженный топоним Эндери или Эндирей и не имеет никакого отношения к личному имени атамана Андрея, историческая достоверность которого не доказательна (Шихалиев Д.-М. Указ. соч. С. 91);
б) назван по имени одного из кумыкских князей Тарковского шамхальства – Эндери, который якобы был владельцем земли в этом месте (сообщение местного краеведа г. Яковчука (Шихсаидов А. Р. Оразаев Г.-М. Р. Айтберов Т. М. Дагестанские исторические сочинения… С. 206);
в) назван по имени правителя древнего дагестанского города Балха-Эндир или Эндирей (