С милиционерами солидаризировались и работники прокуратуры Москвы. Решение коллегии Генеральной прокуратуры России уволить с поста прокурора города Геннадия Пономарева вызвало крайне отрицательную оценку среди его подчиненных – примерно половина всех сотрудников Моспрокуратуры подали рапорт об отставке.
Сам Пономарев направил коллегии письмо, в котором обвинил руководство Генпрокуратуры в непорядочности. В целом сотрудники прокуратуры Москвы рассматривают увольнение своего начальника как логическое завершение конфликта между двумя прокуратурами, длившееся с февраля 1994 г., когда Алексей Ильюшенко стал и. о. генпрокурора.
Ильюшенко на эту должность был назначен президентом. Первым делом он начал проверять, почему прокуратура Москвы закрыла так называемое «дело Руцкого». Дело было возбуждено на основании материалов, переданных в Моспрокуратуру межведомственной комиссией по борьбе с преступностью и коррупцией (МВК), которую возглавлял адвокат Андрей Макаров. В комиссию входил и Алексей Ильюшенко, занимавший тогда должность начальника контрольного управления администрации президента.
За полгода следствия старший следователь по особо важным делам Моспрокуратуры Михаил Слинько не нашел никаких оснований для привлечения к уголовной ответственности Руцкого, Баранникова, Дунаева и еще нескольких человек, которых Макаров и Ильюшенко назвали коррупционерами. Более того, Моспрокуратурой было возбуждено дело по факту клеветы на Руцкого, свидетелями по которому проходили все члены МВК, включая Ильюшенко. Причем, как говорят сотрудники следственных подразделений, такого рода свидетели в случае удачного расследования часто становятся обвиняемыми. Окончательное решение о закрытии «дела Руцкого» и возбуждении дела о клевете принимал прокурор Москвы Геннадий Пономарев.
Изучив материалы следствия, руководство Генпрокуратуры дело о клевете закрыло, а дело о коррупции возбудило вновь. Через несколько месяцев Генпрокуратура начала усиленно проверять работу прокуратуры Москвы и выяснила, что Пономарев и его первый заместитель Юрий Смирнов плохо руководят личным составом и совсем не координируют работу окружных прокуратур. Но отправить Пономарева в отставку не удалось: мэр Москвы Юрий Лужков не дал своего согласия, которое было необходимо. Тогда приказом № 049 Пономареву был объявлен строгий выговор, Смирнов уволен, а на его место назначен прокурор Преображенского округа Москвы Сергей Герасимов.