Деятельность столичной мэрии вызвала негативную реакцию столичной прокуратуры. Прокурор Москвы Геннадий Пономарев выступил с заявлением, в котором обратил внимание как на незаконность нового административного деления (оно противоречило Конституции РСФСР), так и, соответственно, на незаконность принимаемых этой структурой решений.
Однако официального протеста не было по двум причинам: а) прокуратура предприняла последнюю попытку решить проблему «по-семейному»; б) поскольку положение мэрии не определено в общей системе властных отношений, непонятно, куда вносить протест. Однако в случае игнорирования мэрией действующего законодательства прокуратура выражала готовность обратиться в суд.
На заявление прокурора правительство Москвы отреагировало достаточно спокойно. На заседании 24 июля 1991 г. вице-мэр сказал: «А что нам на Конституцию оглядываться?» Мэр Гавриил Попов был более осторожен: «Надо искать пути…». На открытом заседании президиума Моссовета 25 июля в целом также царила уверенность, что конституционный порядок может быть заменен неким «здравым смыслом». Руководство Моссовета высказалось за подстраивание системы Советов под де-факто образованную систему префектур и за поиски путей взаимодействия.
Структура власти в Москве выглядела крайне запутанной: одновременно действовали и районное административное деление, и префектуры, границы которых не совпадали с границами районов. Исполкомы местных Советов не были ликвидированы, но были парализованы. Решения мэрии были незаконны, но «рекомендованы к исполнению».
В августе 1991 г. председатель подкомиссии по правам граждан Комиссии Моссовета по законности Виктор Кузин подал на мэрию в суд. Это был первый юридически оформленный конфликт между конституционной структурой городских Советов и неконституционной мэрией. Конфликт мэрии и Моссовета выглядел следующим образом.
ЦК ВЛКСМ, построив ведомственный дом, столкнулся с тем, что пропиской ведает Моссовет, который отказал в ней претендентам из аппарата ЦК ВЛКСМ на основании протокола Комиссии по жилищным вопросам Моссовета от 11 апреля 1991 г. Аргументы Моссовета были следующие: комсомольцы из представленного списка, во-первых, не прожили в Москве положенных 10 лет, а во-вторых, не были очередниками. Конфликт усугубился, когда мэрия решением от 25 июня вошла в положение комсомольцев-аппаратчиков и в обход решения комиссии Моссовета выдала тем разрешение на прописку, аргументируя это тем, что дом ведомственный. При этом мэрия отказалась выдавать депутатам копии решений. Этот конфликт был хоть и первым в своем роде, но принципиальным и, более того, ожидаемым – с момента рождения системы муниципальной власти.