Осуждая поспешность ее образования, прокурор Москвы заявил, что любой спор между мэрией, конституционными Советами и гражданами решить невозможно из-за пробелов в законодательстве, где существование мэрии не предусмотрено.
Внутри мэрии тоже нарастали противоречия. После августовского путча 1991 г. начались трения между мэром и вице-мэром (в частности, по вопросам проведения приватизации в Москве). Ситуация усугублялась тем, что отношения с Ельциным у них тоже складывались по-разному. Ельцин явно благоволил к Лужкову, которого, в бытность свою секретарем МГК КПСС привел в Мосгорисполком, а затем, уже будучи лидером оппозиции, посоветовал сделать председателем.
Кстати, указы о полномочиях мэра и исполнительной власти Москвы были подписаны Борисом Ельциным, соответственно, 30 июля и 28 августа 1991 г. Оба эти документа, по мнению наблюдателей, в дальнейшем стали для Лужкова дополнительным весомым аргументом в выяснении отношений с Моссоветом по поводу разделения прав в управлении городом.
25 ноября 1991 г. Борис Ельцин заявил в интервью «Известиям», что Гавриил Попов «физически устал», просится на другую работу, а потому весной его в кресле мэра, быть может, сменит Юрий Лужков. Представительская власть тоже продолжала атаку на Попова. В связи с этим в ноябре 1991-го ВС РСФСР включил в повестку сессии вопрос об исполнении законов в Москве и Санкт-Петербурге, то есть о всех несанкционированных парламентом мэрских новациях.
Реализации замыслов столичного мэра воспротивился и Мособлсовет, который 26 ноября официально объявил, что «в период проведения экономической реформы» задуманное Поповым административное объединение Москвы и области неприемлемо из-за неразберихи, неизбежно сопутствующей таким смелым управленческим экспериментам.
4 июня 1992 г. президент Ельцин освободил Гавриила Попова от обязанностей мэра Москвы по его собственному желанию и 6 июня проводил в отставку первого избранного главу Москвы. В соответствии с Законом «О краевом, областном Совете народных депутатов и краевой, областной администрации» отставку должен был принимать не президент, а Моссовет, но, видимо, Попову было нестерпимо иметь дело с депутатами, чувства которых к своему бывшему председателю выразил зампред комиссии по законности Виктор Кузин: «Одним уголовником стало меньше».