Дядя-сенатор не может уволить его по болезни, медики признали его ограниченно годным к службе. Тогда он устраивает его на Черноморский флот опять же к знакомому теперь уже вице-адмиралу Чухнину, командовавшему ЧФ, который назначает его руководить отрядом из двух небольших миноносцев, базирующихся в Измаиле. Тут войной и не пахнет – вина много, а вот денег мало. Тогда Шмидт похищает денежную кассу своего отряда – две с половиной тысячи золотых рублей – и ударяется в бега. Колесил авантюрист между Керчью и Киевом, проматывая казенные денежки. Там он знакомится с некоей Зинаидой Ризберг, с которой продолжает кутить, проматывая похищенные рубли. Эта связь хорошо раскрыта в кинофильме «Почтовый роман». И все же ворюгу задерживают, он признается в дезертирстве и растрате казенных денег. Ему грозит тюрьма, но опять же выручает дядя. Он возмещает ущерб и добивается, чтобы племянника без особого шума уволили с флота.
Едва покинув флот, Петр Петрович бросается в митинговщину. Выступает на сходках, обличая прогнивший царский режим. На митинге 25 октября 1905 года с ним случается очередной припадок. Вскоре его арестовывают – им занимается жандармерия. Он шлет послания на волю. Благодаря стараниям демократической прессы становится широко известным. Его избирают пожизненным депутатом Севастопольского городского совета и выпускают из тюрьмы под обещание немедленно покинуть Севастополь. Шмидт соглашается, но тут же забывает о своем обещании и 14 ноября 1905 года появляется на крейсере «Очаков» в качестве вождя восставших матросов. Никакого руководства восстанием Шмидт не осуществлял. Будучи самоуверенным, он считал, что к нему потекут матросские массы.
Утром 15 ноября ни один из броненосцев, кроме разоруженного «Пантелеймона» (бывший «Потемкин»), к мятежу не присоединился. Тогда, надев погоны капитана 2-го ранга «красный лейтенант» поднимает на миноносце «Свирепый» болезненно-амбициозный сигнал: «Командую флотом. Шмидт».
Чухнин посылает парламентариев с предложением сдаться. Шмидт отвечает, что будет разговаривать только с однокашниками по Морскому корпусу. Но едва они вступили на палубу «Очакова», как их берут в заложники. Шмидт передает, что после каждого выстрела по крейсеру он будет вешать на реях по офицеру. На адмирала Чухнина это заявление не производит впечатления, и тогда Шмидт посылает в атаку на стоящий неподалеку минный транспорт «Буг», начиненный 1200 пудами пироксилина, миноносец «Свирепый». Страшно представить, что было бы с Севастополем, если бы атака удалась. К счастью, команде «Буга» удалось быстро затопить судно. Тогда «Свирепый» атаковал броненосцы эскадры, которые тут же расстреляли его вместе с крейсером «Очаков».